Die Begriffe Reformation und Gegenreformation bezeichnen einen religiösen und kirchlichen Wandlungsprozeß im Europa der frühen Neuzeit, der auch das gesamte gesellschaftliche Leben und das politische Machtgefüge veränderte. Diese Vorgänge betrafen einerseits den christlichen Glauben und seine konstitutionellen Formen, andererseits aber auch die Kirche als politischen Machtfaktor, was zu den europäischen Glaubenskriegen führte. Schon im 14. Jahrhundert begannen Tendenzen zur Nationalisierung der Kirchen (vor allem in Spanien), verstärkt durch das große Abendländische Schisma (1378 - 1415). Andererseits wurden Papst und Kurie in einem Zentralisationsprozeß als weltlich-politische Macht vor dem Hintergrund des zerfallenden Reiches immer wichtiger.
In Deutschland begann die Auseinandersetzung mit dem Auftreten Martin Luthers. Er wandte sich 1517 in seinen 95 Thesen von Wittenberg (dem Zentrum der Reformation) vor allem gegen den Ablaßhandel und forderte eine Disputation über dieses Thema. Bei der Leipziger Disputation kam es zum Bruch zwischen Luther und Rom, weil Luther sowohl die päpstliche als auch die konziliare Unfehlbarkeit leugnete. In seinen drei Programmschriften (1520) forderte er eine kirchliche Gemeinschaft von Gleichgestellten und Freien statt eines Herrschaftssystems. Daraufhin wurde er vom Papst gebannt. Trotz des Bannes konnte Luther auf dem Reichstag zu Worms seine Thesen bestätigen und wurde von Kaiser Karl V. im Wormser Edikt geächtet. Kurfürst Friedrich der Weise brachte ihn auf der Wartburg in Sicherheit, wo er mit der Septemberbibel die erste deutsche Übersetzung des griechischen Urtextes des Neuen Testaments anfertigte.
Die aus der reformatorischen Bewegung folgende Krise der Gesellschaft erreichte in dem großen deutschen Bauernkrieg (1524 - 1526) ihren Höhepunkt. Die Aufständischen beriefen sich dabei auf die Schriften Luthers über die „Freiheit eines Christenmenschen“, der sich allerdings im Mai 1525 „wider die mörderischen und räuberischen Rotten der Bauern“ wandte: sein Freiheitsbegriff sei nicht weltlich, sondern geistlich gemeint. Nach Anfangserfolgen der schlecht geführten und organisierten Bauernheere wurden sie durch die Truppen des Schwäbischen Bundes vernichtet, Vermittlungsversuche von reichsstädtischer Seite schlugen fehl. Die Folge des Aufstandes waren für die Bauern Rechtsverschlechterungen (Leibeigenschaft), für die Fürsten die Durchsetzung ihrer politischen Macht. Außerdem wandelte sich die Reformation von einer religiösen Volksbewegung zur fürstlich getragenen politischen Bewegung.
Mit der Einführung der Reformation in Preußen 1525 begann die landeskirchliche Organisation: durch Visitationen der Landesherren wurde Kirchengut verstaatlicht und von den Fürsten im eigenen Sinn verwendet. Der Speyrer Reichstag 1526 ermöglichte das kirchliche Optionsrecht der fürstlichen und reichsstädtischen Oberhoheit, der ständische Partikularismus wurde zur Stütze der Reformation. Ein Versuch des Kaisers 1529, den Kompromiß von 1526 zu kassieren, scheiterte trotz einer katholischen Mehrheit an prinzipiellen Bedenken (Mehrheitsentscheid in Glaubensfragen) einer evangelischen Gruppe. Diese Gruppe bildete nun den politischen Arm der Reformation und stärkte Luthers Position. Ein theologischer Streit zwischen Luther und dem schweizer Reformator Zwingli verhinderte allerdings den Zusammenschluß aller Kräfte der deutschsprachigen Reformation. Auf dem Reichstag zu Augsburg wurde 1530 noch einmal versucht, die Glaubenseinheit zu retten, aber ein Kompromißvorschlag der Protestanten (Confessio Augustana) wurde von katholischen Theologen (Confutatio) zurückgewiesen. Daraufhin gründeten die evangelischen Fürsten und Städte 1531 den Schmalkaldischen Bund als politisch-militärisches Schutzbündnis, der durch ein Bündnis mit Bayern und Frankreich 1532 gegen den Kasier zeitweise zum Kristallisationskern der überkonfessionellen antihabsburgischen Bewegung in Europa wurde. Unter dem Druck der Türkengefahr mußte Karl V. den (befristeten) Religionsfrieden von Nürnberg gewähren.
Nach der Konsolidierung des Kaisers durch einen Sieg gegen Frankreich und Abwendung der Türkengefahr begann 1546 der Schmalkaldische Krieg gegen die Protestanten mit Unterstützung des Papstes und Bayerns. Mit dem Sieg des Kaisers 1547 war der deutsche Protestantismus als politisch-militräische Kraft erledigt, und Karl V. stand auf dem Höhepunkt seiner Macht. Allerdings kam es durch den Abzug der päpstlichen Truppen nach Beendigung des Vertrages zum Konflikt mit Paul III., der eine gemeinsame Politik der Häupter der katholischen Christenheit verhinderte. Daran scheiterten auch die Bemühungen um eine politische und kirchliche Einheit des Reiches, denn die besiegten Protestanten hatten nur die Annahme einer Konzilsentscheidung versprochen; ein Konzil war aber wegen des päpstlich-kaiserlichen Streites nicht möglich. Außerdem trafen sich katholische und protestantische Reichsstände in der immer stärker werdenden Opposition gegen den mächtigen Kaiser. Zwei kaiserliche Kompromißbeschlüsse für die katholischen und protestantischen Gebiete ließen die Religionsfrage weiter offen. Zwar wurde 1551 das Konzil eröffnet, aber die protestantische Basis war in ihren inneren Überzeugungen nicht betroffen. Nach dem Eingreifen Frankreichs auf der Seite der opponierenden Fürsten und einer Niederlage des Kaisers kam es auf dem Augsburger Reichstag 1555 zum Augsburger Religionsfrieden: die Untertanen sollten dem Glauben des Landesherrn folgen, ein geistlicher Fürst verlor sein Amt bei Übertritt zum Protestantismus und die Declaratio Ferdinandea garantierte dem Adel in geistlichen Territorien Glaubensfreiheit. Die Unklarheiten dieser Bestimmungen legten den Keim für neue Konflikte. Die Gegenreformation begann und mündete 1618 schließlich im Dreißigjährigen Krieg.