Byzanz fühlte sich durch die normannischen Übergriffe bedroht und wandte sich an Venedig, dessen Interessen durch die Blockade der Adria ebenfalls berührt waren. Das führte zu einer byzantinisch-venzianischen Allianz 1082, die endgültig die Loslösung Venedigs vom Reich besiegelte: gegen Flottenhilfe erhielt die Stadt weitreichende Handelsprivilegien und ein Quartier in Konstantinopel. Damit war die Stellung Venedigs, die immer ambivalent gewesen war, eindeutig geworden: die Stadt hatte keine Verpflichtungen gegenüber dem Reich, sondern war höchstens Bündnispartner bei einzelnen Unternehmen.
Die Machtgrundlage der italienischen Seestädte Venedig, Genua und Pisa war vor allem der Handel. Durch die Privilegien, die Venedig für seine Hilfe gegen die Normannen erhielt, hatte es entscheidende wirtschaftliche Vorteile gegenüber seinen Konkurrenten. Die Kreuzzüge mit ihrem hohen Bedarf an Transportmöglichkeiten in das Heilige Land schufen neue Geschäftszweige. Die Händler, die bisher Pilger nebenbei auf ihren Handelsschiffen mitgeführt hatten, stellten ihr Geschäft auf die Organisation von Überfahrten um. Neben den großen Schüben von Kreuzfahrern während der Kreuzzüge selbst mußten die Kreuzfahrerstaaten ständig mit Nachschub (vor allem an Kriegern wegen der hohen Sterblichkeit) versorgt werden. Viele kleine Küstenstädte wurden als Stützpunkte ausgebaut. Vor allem die ägäischen Inseln wurden, weil sie nah beieinander lagen, sehr wichtig. Spanien spielte als Ausgangspunkt der Kreuzfahrer noch keine Rolle. Das Vordringen der Seltschuken führte auch zur Flucht armenischer Fürsten nach Kyllikien und zur Gründung der kleinarmenischen Fürstentümer, die sich im 13. Jahrhundert ebenfalls über Zypern und Genua in den Mittelmeerhandel einschalteten.
Auch Byzanz profitierte von dem Aufschwung des Handels (in der älteren Literatur wird teilweise das Gegenteil angenommen), weil neue Absatzmärkte im Westen erschlossen wurden. Deshalb schloß es Verträge mit den Seestädten und verlieh den italienischen Händlern Privilegien (z.B. 1111 Handelsvertrag mit Pisa). Die Gründe dafür waren allerdings nicht rein wirtschaftlich, auch in der Auseinandersetzung mit dem deutschen Kaiser Friedrich I. bzw. den Normannen (s.o) waren die Seestädte wichtige Verbündete.
Genua überschätzte seinen Wert im Streit der Kaiser Friedrich I. und Manuel I. und forderte ähnliche Privilegien wie Venedig sie 1082 erhalten hatte. Deshalb dauerten die Verhandlungen bis 1169/70 an. Der Vertrag Genua - Byzanz enthielt auch einen Passus, der den Genuesen jegliche Unterstützung für den deutschen Kaiser verbot. Venedig reagierte auf den Vertrag mit weiteren Forderungen, was 1171 zu einem Venezianerpogrom in Konstantinopel und der Vertreibung der venezianischen Händler von byzantinischem Gebiet führte. Die Stellung der Seestädte war offensichtlich weiter unsicher. 1179 wurde der alte Zustand wiederhergestellt, 1189 und 1198 erhielt Venedig dann weitere Privilegien. 1192 wurden Pisa ebenfalls Zugeständnisse gemacht, 1192/3 und 1201/2 folgte Genua.
Bis zum 12. Jahrhundert gab es fast nur Küstenschiffahrt, die hauptsächlich an in Sichtweite liegenden Zielen orientiert war. In der Nachfolge der antiken Periplus-Literatur entwickelten sich nun die Portulane (Hafenbeschreibungen). Auch der Kompass und die Seekartographie wurden in dieser Zeit erfunden.