Der im westlichen Mittelalter enstandene Begriff der Universität läßt sich auf die höheren Schulen in Byzanz nicht anwenden. Die in privater Initiative aus dem Wunsch nach Wissen und Kenntnissen heraus gegründeten Universitäten wurden im 13. Jahrhundert durch päpstliches Privileg in öffentliche Anstalten gewandelt, verkörpert durch den Verband von Schülern und Lehrern (universitas discipulorum et magistorum). An verschiedenen Fakultäten lernten Artisten, Juristen, Theologen und Mediziner.
Gemeinsam waren den byzantinische und den westlichen Schulen die Grundlage der septem artes liberales (gelehrt an der Artistenfakultät) bzw. der enkyklios paideia. Es gab außerdem in Byzanz mehrere Versuche, eine dauerhafte staatliche Bildungseinrichtung zu schaffen. Kaiser Theodossios ordnete mit dem Gesetz XIV, 9, 3 des Kodex Theodossianum vom 27. Februar 425 eine staatliche Aufsicht über die Magistri und die Zusammenfassung des Unterrichts in einer Institution am Rand der Stadt an. Diese staatliche Bildungskontrolle sah 31 Lehrstühle (darunter neben den lateinischen und griechischen Grammatikern auch zwei Juristen und ein Philosoph) vor, die allerdings nie alle besetzt wurden. Die Schule bestand noch unter Justinian, ihr Betrieb wurden um 600 unter dem Militärkaiser Phokas stark eingeschränkt, eventuell wurden sie auch stillgelegt. Kaiser Heraklaios belebte um 610 das Projekt der Bildungsaufsicht durch die Einsetzung eines oikumenikos didaskalos als Organisator und Koordniator der höheren Schulen wieder. Über die folgende Zeit fehlen genaue Informationen, im Bilderstreit wird Kaiser Leo III. vorgeworfen, er habe die Hochschule und ihre Bibliothek 726 wegen der Haltung der Lehrer anzünden lassen, was immerhin ein Beleg für ihre Existenz zu dieser Zeit ist. Wahrscheinlich ging die Schule irgendwann im 8. Jahrhundert ein. 842/3 folgte ihr die sogenannte Bardas-Universität des Staatskanzlers Leon Bardas, der einer einflußreichen Familie entstammte und zeitweise die Regierungsgeschäfte führte. Der Anlaß der Gründung war die Entdeckung des Mathematikers Leo durch den Politiker. Ein Schüler Leos war in arabische Gefangenschaft geraten und hatte den Kalifen mit seinen mathematischen Fähigkeiten beeindruckt, worauf dieser den byzantinischen Kaiser um die Entsendung Leos nach Bagdad bat. Stattdessen gründete Bardas eine private Hochschule mit mathematisch-naturwissenschaftlichem Schwerpunkt für 40-50 Schüler und bestellte Leo zum Leiter. Die in der Forschung behauptete Lehrtätigkeit des ebenfalls zu dieser Zeit lebenden Patriarchen Photios an der Bardas-Schule ist nicht zu belegen, tatsächlich betrieb Photios eine Privatschule und wirkte als Privatlehrer der kaiserlichen Kinder. Die Geschichte der Bardas-Schule endete mit dessen Tod. Im 10. Jahrhundert überlieferte ein Hofgeschichtsschreiber die Gründung einer „Universität“ am Magnaura-Palast durch den Kaiser Konstantin III. († 958). Angeblich wurden an ihr Philosophie, Rhetorik und Geometrie gelehrt. Nicht nur diese seltsame Mischung, sondern auch das Fehlen jeder weiteren Angabe über Lehrpersonal und Gründungsdatum läßt die Existenz dieser Schule zweifelhaft erscheinen. Unter Umständen wollte der Schreiber seinem gebildeten, aber politisch machtlosen Herrn nachträglich eine gewisse Initiative zuschreiben. Die nächsten gesicherten Gründungen geht auf das Jahr 1043 und den kulturbeflissenen (wenn auch nicht sehr gebildeten) Konstantin IX zurück. Er schuf eine Rechts- und eine Philosophieschule, die er durch den Juristen Johannes Xiphillinos bzw. den Universalgelehrten Michael Psellos (hypatos ton philosophon) leiten ließ. Mit dem Tod oder der Entmachtung dieser Dekane endeten auch die Institutionen. Im 12. Jahrhundert etablierten sich viele kleinere Schulbetriebe in baulicher Verbindung zu Kirchen und Klöstern in Konstantinopel. Allerdings waren diese Schulen keine Kloster- oder Domschulen, auch die sogenannte Patriarchalakademie wurde zwar vom Patriarchen unterstützt, ging aber eher auf kaiserliche Initiative zurück.