Als Friedrich II. 1220 zur Kaiserkrönung nach Italien zog, war sein neunjähriger Sohn Heinrich (VII.) bereits von den deutschen Fürsten zum König gewählt worden. Er sollte als Statthalter seines Vaters fungieren und stand unter der Kontrolle kaiserlicher Beauftragter. Wegen seiner Minderjährigkeit stand der faktische Reichsverweser unter Obhut, die Regierung lag bei einem Regentschaftsrat, in dem der Erbischof von Köln, Engelbert von Berg, führend war. Engelbert wurde Ende 1220 zum Vormund und Reichsgoubernator ernannt. Trotz des verstärkten kölnischen Einflusses auf die Reichspolitik legte er seinen Schwerpunkt auf den Ausbau seines Erzstiftes und der herzöglichen Macht (seit dem Sturz Heinrich des Löwen 1180 hatte das Erzbistum den westfälischen Teil des sächsischen Herzogtums), was zum Konflikt mit dem Kaiser führte. Zudem war Köln stark nach England ausgerichtet, so daß Engelbert für eine Vermählung Heinrich (VII.) mit einer englischen Prinzessin plädierte, während der Kaiser eher zu einer Verbindung mit den Kapetingern tendierte. Zwar vereitelte Engelbert die Hochzeit mit einer Französin, konnte sich aber ebensowenig durchsetzen wie der bayerische Herzog Ludwig I., der eine Tochter des böhmischen Königs Ottokar I. vorschlug. Schließlich setzte Friedrich II. eine Heirat seines Sohnes mit der Babenbergerin Margarete, der Tochter Leopold VI. von Österreich, durch.
Engelbert hatte sich auch durch die Übernahme der Grafschaft Berg, die nach dem Tod seines Bruders Adolf eigentlich an den Ehemann der Tochter Adolfs, den Herzog von Limburg, hätte fallen müssen, die Feindschaft des Limburger Hauses zugezogen. 1225 ging er gegen seinen Vetter Vogt Friedrich von Isenburg vor, gegen den die Äbtissin des Klosters geklagt hatte, und setzte ihn ab. Dadurch entstand eine Opposition der niederrheinischen Fürsten gegen Köln, die am 7. November 1225 zu Engelberts Tod bei einem Entführungsversuch führte. Die beteiligten Fürsten wurden bestraft, Friedrich von Isenburg als Mörder hingerichtet, nur Limburg als Drahtzieher hatte Erfolg und erhielt die Grafschaft Berg.
Durch die Heirat Friedrich II. mit einer Babenbergerin fühlten sich Ludwig I. von Bayern, der sich für die Tochter Ottokars von Böhmen eingesetzt hatte, und Ottokar selbst zurückgesetzt. Zum Ausgleich erhielt Ludwig I. die Stelöung des ermordeten Engelbert als Reichsgoubernator, was eine Ausweitung des Reichseinflusses in die Gebiete Bayerns und Österreichs (Herzog Leopold war Schwiegervater Heinrich (VII.)) bedeutete. Die territoriale Politik Bayerns brachte Heinrich (VII.) in Schwierigkeiten: sollte er seinen Schwiegervater oder den Reichsgoubernator unterstützen? Auf einem Hoftag in Hagenau Weihnachten 1228 kam es zum Bruch zwischen Ludwig I. von Bayern und Heinrich (VII.). Gleichzeitig versuchte der Papst, einen Gegenkönig in Deutschland zu installieren, während der Kaiser im Heiligen Land war. Deshalb erhob Heinrich (VII.) den Vorwurf gegen Ludwig, er habe mit der Kurie gegen die Staufer paktiert. Ein Bündnis mit dem Grafen von Andechs brachte den Sieg über Ludwig und die Unterwerfung Bayerns. Das Verhätlnis zum bayerischen Herzogtum blieb allerdings gespannt, nach dem Tod Ludwigs stand der Kaiser im Verdacht, ihn ermordet zu haben.
Mit der Volljährigkeit begann auch die eigenständige Regierung Heinrich (VII.), der vor allem die Stadtbürger und die Reichsministerialen bevorzugte. Verdun, Maastricht, Lüttich und Nimwegen erhielten Privilegien und Schutzversprechen gegen die jeweiligen Stadtherren. Diese füstenfeindliche Politik fürhte zum Konflikt mit Friedrich II., der die Fürsten brauchte und eine Abneigung gegen die freien Städte hatte. Auf einem Hoftag in Worms am 23. Januar 1231 kam es zur Auflehnung der geistlichen Fürsten, die ein Verbot von Eidgenossenschaften in bischöflichen Städten durchsetzten. Am 12. Mai 1231 erzwangen weltliche und geistliche Fürsten gemeinsam das statutem in favorem principum, in dem Gerichts-, Münz-, Zoll-, Burgen- und Städterecht an die Landesherren abgetreten und die Freiheiten der Städte beschnitten (Verbot des Pfarrbürgertums) wurden. Zwar wurde damit keine faktische Macht preisgegeben und nur der faktische Zustand anerkannt, aber die reichsrechtliche Sanktionierung verhinderte eine zukünftige Rückforderung durch die Reichsgewalt. Die Fürsten wollten eine Bestätigung der Statuten durch den Kaiser und zogen zum Reichstag nach Italien. In Cividale unterzeichnete Friedrich II. im Mai 1232 das Gesetz, forderte aber Rechenschaft seines Sohnes.
Heinrich (VII.) mußte eine fürstenfreundliche Politik beschwören, bei Nichtgehorsam sollten die Untertanen vom Treueid entbunden sein und der König in Kirchenbann getan werden. Er fügte sich zunächst, näherte sich aber nach seiner Rückkehr wieder den Städten und Ministerialen an. Zum Verhängnis wurde ihm die Ketzerfrage: Papst Gregor IX. ließ die Ketzer systematisch durch die Inquisition verfolgen. Der Erzbischof von Bremen kämpfte in diesem Sinne gegen die Stedinger, aufständische Bauern an der Unterweser, und ließ sie am 27. Mai 1234 als Ketzer vernichten. Heinrich (VII.) wollte die gandenlose päpstliche Inquisition aufhalten und verkündete einen Landfrieden, der ihn in Konflikt mit der Kurie und seinem Vater brachte, denn Friedrich II. unterstützte die Ketzerverfolgung. Am 5. Juli 1234 verhängte Gregor IX. deshalb den Kirchenbann über den deutschen König und rief die Fürsten zur Unterstützung Friedrich II. auf (insgeheim hoffte er auf einen Sturz der Staufer in Deutschland). Heinrich (VII.) suchte einen Ausgleich mit den Fürsten, die sich auch zur Vermittlung bereit erklärten. Bevor es allerdings zu Verhandlungen kam, kündigte Friedrich II. einen Deutschlandzug an. Diese Nachricht versetzte seinen Sohn in Panik, so daß er sich in Boppard mit den Kaisergegnern (auch den Lombardenstädten) verbündete und sich offen empörte. Seine schwankende Persönlichkeit und seine progressive Politik hatten ihn in die Enge getrieben.
Einschub: Die Beziehungen des Reiches zu Dänemark waren trotz der Parteinahme des dänischen Königs für den Welfen Otto IV. im Thronstreit friedlich, bis sich der Markgraf Heinrich von Schwerin, der unter dänischen Einfluß geraten war, ungerecht behandelt fühlte und Waldemar II. und dessen Sohn gefangennahm. Daraufhin versuchte die Reichsregierung (Hermann von Salza als Unterhändler), dem Grafen die Geiseln abzukaufen, um die Rückgabe Nordalbingiens zu erreichen. Waldemar II. appellierte an die Kurie (durch sein Kreuzzugsgelübde war er eigentlich unantastbar) und erreichte, daß seine Freilassung von Rom und vom Kölner Erzbischof Engelbert gefordert wurde. Am 4. Juli 1224 mußte er trotzdem dem Vertrag von Dannenberg zustimmen: er erweiterte sein allgemeines Kreuzzugsgelübde um die Zusicherung eines zweijährigen Kreuzzuges, gab Nordalbingien an das Reich zurück, nahm seine Besitzungen Mecklenburg, Pommern und Rügen wie auch sein eigenes Königreich zu Reichslehen. Heinrich von Schwerin sollte 40.000 Mark Lösegeld erhalten. Die Dänen lehnten die Unterzeichnung ab und griffen an, wurden aber im Januar 1225 von den norddeutschen Fürsten unter Heinrich von Schwerin in der Schlacht bei Mölln geschlagen. Am 7. November 1225 schloß Schwerin einen eigenmächtigen Vertrag, der die Reichsinteressen nicht berücksichtigte und ließ den König frei. Waldemar II. weigerte sich, den Vertrag zu erfüllen, bezog sich erneut auf seinen Kreuzfahrerstatus, wurde aber in der Schlacht bei Bornhöved am 22. Juli 1227 vernichtend geschlagen. Damit endete die Vorherrschaft der Dänen im Osteseeraum, der Zugang des Reiches nach Osten und der Seeweg ins Missionsland Preußen war frei.