Der erste Bundespräsident Theodor Heuss wurde als Glücksfall für die junge Demokratie bezeichnet. Nach seiner Wiederwahl 1954 (mit den Stimmen der Koalition und der SPD) mehrten sich die Stimmen, die eine Grundgesetzänderung forderten, um Heuss eine dritte Kandidatur zu ermöglichen. Adenauer stand dem Plan skeptisch gegenüber, die SPD lehnte ihn klar ab. Heuss selbst äußerte sich ablehnend, ohne eine weitere Amtszeit klar auszuschließen. Am 12. Februar 1959 nominierte die SPD den populären Carlo Schmid als Kandidaten für das Amt des Bundespräsidenten. Diese Entscheidung wurde von der Presse allgemein positiv bewertet, die Union geriet unter Druck. Der CDU/CSU-Fraktionsvorsitzende Heinrich Krone lehnte eine Kandidatur ab und schlug stattdessen den Ministerpräsidenten von Schleswig-Holstein, Kai-Uwe von Hassel, vor. Adenauer förderte dagegen massiv eine Kandidatur des Wirtschaftsministers Ludwig Erhard. Es gelang ihm, Erhard am 24. Juni 1959 vom zuständigen Ausschuß nominieren zu lassen, was als Sensation und „Kronprinzenmord“ kommentiert wurde. Innerhalb der Union stieß die Ausschaltung der Wahllokomotive Erhard auf scharfe Kritik, 70 CDU-Bundestagsabgeordnete sprachen sich gegen seine Kandidatur aus. Nachdem Adenauer diese Signale ignorierte, zog sich der Wirtschaftsminister von sich aus zurück.
Als die SPD gleichzeitig einen außenpolitisch neutralistischen Deutschlandplan vorlegte, fürchtete Adenauer, ein Bundespräsident Schmid könne der SPD zum Wahlsieg verhelfen und so die Westbindung gefährden. Daher erwog er Anfang April 1959 selbst eine Kandidatur, die er allerdings nicht als Chance zu einem ehrenhaften Rückzug und einem sauberen Führungswechsel in der Union begriff; er wollte auch als Bundespräsident CDU-Vorsitzender bleiben. Trotzdem nutzte der Wahlausschuß die Gelegenheit und nominierte Adenauer am 7. April. Der Kanzler nahm die Wahl an und reiste in den Urlaub. Während in Bonn der Kanzlerwechsel zu Ludwig Erhard vorbereitet wurde, änderte er seine Meinung und gab als Begründung an, Erhard sei für das Kanzleramt nicht kompetent, er selbst wolle deshalb im Amt verbleiben. Diese Selbstherrlichkeit und die damit verbundene Ohrfeige für die Unionsfraktion schwächte ihn erheblich und brachte Erhard den Nimbus der verfolgten Unschuld, wann immer Adenauer ihn kritisierte. Am 1. Juli 1959 wurde schließlich der Behelfskandidat Heinrich Lübke zum 2. Bundespräsidenten gewählt.