Am 31. Mai 1951 wurde im Bundestag das sogenannte „131er-Gesetz“ verabschiedet, das die Versorgungs- und Beschäftigungsansprüche der Personen regelte, die unter den Artikel 131 GG fielen, d.h. die aus anderen als tarifrechtlichen oder Altersgründen nach 1945 aus dem öffentlichen Dienst ausgeschieden waren. Dau zählten insgesamt 430.000 Personen, unter ihnen Vertriebene, ehemalige Wehrmachtssoldaten und vor allem die wegen ihrer nationalsozialistischen Belastung entfernten Personen. Das mit den Stimmen der SPD verabschiedete Gesetz verfügte sehr großzügig die Wiedereinstellung belasteter Beamter und Angestellter, nur Angehörige der Gestapo und weitere scher belastete Amtsträger blieben von der faktischen Amnestie ausgenommen. Der Kritik an diesem Verfahren standen der Aufwand für eine erneute Einzelfallprüfung und der zu erwartende Widerstand der Bevölkerung gegen eine neue „Entnazifizierung“ entgegen. So konnte ein großer Teil der NS-Richterschaft und des diplomatischen Dienstes seine Karriere bruchlos fortsetzen, lediglich ehemalige Wehrmachtsoffiziere, die sich um eine Funktion in der Bundeswehr bewarben, wurden genauer überprüft.
Die Folge der Schlußstrich-Methode waren mehrere Skandale um hochrangige Politiker und Beamte in der frühen Bundesrepublik. Der Jurist Dr. Hans Globke, Staatssekretär im Kanzleramt und rechte Hand Adenauers, hatte während des NS-Regimes für das Reichsinnenministerium im Referat für Personenstandsfragen gerarbeitet und als Mitautor eines Kommentars zu den Nürnberger Rassengesetzen gewirkt. Obwohl ihm viele Prominente geistigen Widerstand und auch aktive Hilfe für einzelne Verfolgte bescheinigten, wies der SPD-Abgeordnete Arndt zu Recht darauf hin, daß Menschen, die vor 1945 hohe Ämter bekleidet hatten, in der Bundesregierung untragbar seien. Trotz heftigster Attacken auch in den Medien blieb Globke mit Unterstützung Adenauers im Amt. Adenauer, der selbst ein profilierter NS-Gegner war, hielt Globke als Experten für unverzichtbar, solange kein unbelastetes Personal verfügbar sei. Noch größeres Aufsehen erregte der Fall des Vertriebenenministers und Altnazis Theodor Oberländer. Er hatte bereits 1923 aktiv am Hitlerputsch teilgenommen und war während des Krieges als Offizier mit der Wehrmacht in die Sowjetunion einmarschiert. Zu seiner Entlastung konnte er einzig seine Entlassung aus dem Wehrdienst wegen Kritik an der Besatzungspolitik vorweisen. Trotzdem gelang es ihm, sich als Vorsitzender des GB/BHE eine politische Machtbasis zu schaffen und in den ersten beiden Kabinetten als Minister zu arbeiten. Erst 1960 trat er zurück, nachdem ihn ein DDR-Gericht in Abwesenheit zu lebenslanger Haft verurteilt hatte. Bis dahin hatte sich die gesamte politische Klasse mit Angriffen gegen Oberländer aus taktischen Gründen zurückgehalten: Seine unangefochtene Stellung bei den wahlberechtigten Flüchtlingen und die Sorge, Oberländers Entlassung werde viele ehemalige Nazis verprellen, ließen auch die SPD schweigen. Karrieren wie die Globkes und Oberländers schadeten aber dem Ansehen der Bundesrepublik im Ausland und sandten gleichzeitig ein fatales Signal an die Bevölkerung: Wenn politisch schwer belastete Nazi-Funktionäre in höchste Staatsämter gelangen konnten, war es bis zur Generalamnestie nicht mehr weit. Andererseits bewirkte die Schonung der Altnazis nicht etwa deren Renazifizierung, sondern die reibungslose Anpassung als unpolitische Mitläufer – diesmal unter demokratischen Vorzeichen. Nach Ansicht des Historikers Hans-Ulrich Wehler war die politische Stabilität der Bundesrepublik auch ein Ergebnis des Verzichts auf eine umfassende Reinigung. Tatsächlich hing nur eine kleine, aber gut organisierte Gruppe Unbelehrbarer weiter der faschistischen Ideologie des Dritten Reiches an. Die Bundesregierung bekämpfte den Rechtsradikalismus durch Publikations- und Parteiverbote (z.B. das Verbot der SRP am 23. Oktober 1952), aber vor allem durch systematische Aufklärung über die NS-Verbrechen. Die Prozesse gegen einzelne Personen anläßlich antisemitischer Schmierereien Ende 1959 (u.a. an der Kölner Synagoge) waren dagegen nicht sehr effektiv.
Problematischer als die Wiedereinstellung politisch belasteter Personen war die fehlende Strafverfolgung der NS-Verbrecher und Kriegsverbrecher, die ebenfalls vom pragmatischen Kurs profitierten. Als NS-Verbrechen im engeren Sinne werden die nationalsozialistischen Gewaltverbrechen bezeichnet. Neben dem in den Konzentrationslagern und durch Einsatzgruppen in den besetzten Gebieten begangenen Völkermord an den europäischen Juden zählen dazu auch die Ermordung von Kriegsgefangenen, politischen Gegnern, Straftätern, sogenannten Asozialen (Landstreicher, Prostituierte usw.), Zeugen Jehovas, Zigeunern und Homosexuellen in den KZ, die unsystematischen Morde der SA nach der Machtergreifung 1933, einzelne Aktionen wie der „Röhm-Putsch“ und die „Reichskristallnacht“, die „Justizmorde“ von Volksgerichtshof und Sondergerichten, und die „Euthanasie“. Im Potsdamer Abkommen vereinbarten die Alliierten 1945 neben der flächendeckenden Überprüfung aller Funktionsträger des Dritten Reiches („Entnazifizierung“) auch eine gerichtliche Verfolgung der während des Krieges begangenen Verbrechen. Die Befürworter der Entnazifizierung waren der Auffassung, das gesamte deutsche Volk habe sich schuldig gemacht („Kollektivschuld“). Den NS-Prozessen lag dagegen die outlaw theory zugrunde, die im Nationalsozialismus den „Ausdruck einer kollektiven Kriminalität der politischen Elite“ sah.
Unmittelbar nach dem Krieg fanden mehrere Verfahren unter alliierter Regie statt, zunächst der Nürnberger Prozeß vor dem Internationalen Militärtribunal (IMT) gegen die Hauptschuldigen des NS-Regimes (Reichsmarschall Hermann Göring, Hitlers Stellvertreter Rudolf Heß, für die Führung der Wehrmacht Generalfeldmarschall Wilhelm Keitel und Großadmiral Karl Dönitz [Hitlers Nachfolger als Reichskanzler], sowie weitere Exponenten des Regimes). Wegen des großen Aufwands delegierte der Alliierte Kontrollrat nach Abschluß dieses großen Prozesses die weitere Strafverfolgung an die Militärgerichtshöfe der einzelnen Besatzungsmächte. Vor einem amerikanischen Gericht fanden in Nürnberg die zwölf „Nachfolgeprozesse“ gegen Ärzte, Juristen, Industrielle, Organisatoren und Mitwirkende am Holocaust im Osten, Politiker und Juristen statt. Ebenfalls unter amerikanischer Leitung standen die Verfahren in Dachau gegen das Personal der Konzentrationslager Dachau, Buchenwald, Mauthausen, Mittelbau-Dora und Flossenbürg. Zahlreiche Urteile dieses Gerichtes mußten wegen unzulässiger Beweisaufnahme revidiert werden. Britische und französische Militärgerichte führten sowohl in Deutschland als auch im Ausland Prozesse gegen deutsche Staatsangehörige, unter anderen gegen führende Militärs und das Personal der Konzentrationslager Auschwitz, Bergen-Belsen und Natzweiler. In der britischen Zone wurden auch Personen wegen ihrer Zugehörigkeit zu verbrecherischen Organisationen wie SS und Gestapo verurteilt.
Deutsche Gerichte konnten nach dem Kontrollratsgesetz (KRG) Nr. 4 über NS-Verbrecher urteilen, soweit ihre Straftaten sich nicht „gegen Staatsangehörige Alliierter Nationen oder deren Eigentum“ gerichtet hatten oder „Versuche zur Wiederherstellung des Naziregimes oder zur Wiederaufnahme der Tätigkeit der Naziorganisationen“ darstellten. Am 1. Januar 1950 stellten die alliierten Gerichte ihre Tätigkeit ein und übertrugen die Strafverfolgung von NS-Verbrechen komplett der deutschen Justiz (KRG Nr. 13). Die alliierten Gerichte verurteilten NS-Verbrecher auf der Grundlage des IMT-Statuts (bzw. des darauf basierenden KRG Nr. 10), das auf der Londoner Konferenz vom 8. August 1945 verabschiedet worden war. Damit verstießen sie gegen das in Rechtsstaaten übliche Rückwirkungsverbot, nach dem Straftaten nur unter Berufung auf das zur Tatzeit geltende Recht verfolgt werden können. Die deutschen Gerichte wandten dagegen das deutsche Strafrecht an, soweit nicht die im IMT-Statut erstmals genannten Tatbestände Verbrechen gegen den Frieden oder gegen die Menschlichkeit erfüllt waren. In diesen Fällen wurden sie von den Militärregierungen ermächtigt, die entsprechenden Bestimmungen des KRG Nr. 10 anzuwenden. Am 31. August 1951 wurde dieses „Sonderrecht“ für NS-Verbrecher aufgehoben.
Bis etwa 1958 kümmerte sich die deutsche Justiz kaum um die Verfolgung von NS-Verbrechen: Waren unter alliierter Aufsicht bis 1948/9 2350 Urteile gesprochen worden, wurden in den Jahren 1955/6 nur noch 20 NS-Täter rechtskräftig verurteilt. Ursache war allerdings nicht nur die Nachlässigkeit der Gerichte, sondern auch das Fehlen von Zeugen, die schwierige Ermittlung von Tätern, fehelende zeitgeschichtliche Kenntnisse der ermittelnden Behörden und die Verjährung vieler minderschwerer Straftaten in den Jahren 1950 und 1955. Hinzu kam die Haltung der Öffentlichkeit. Ursprünglich stieß vor allem die Entnazifizierung auf Widerstand in der Bevölkerung, weil die Umkehrung der Beweislast und die zugrundeliegende Kollektivschuldthese als ungeheure Zumutung und Ehrverletzung empfunden wurden. Die Ablehnung der politischen Überprüfung weitete sich durch die unglückliche Wortwahl vor dem Nürnberger IMT auf die Strafprozesse aus, da die Ankläger häufig die politische Dimension des Prozesses betonten. Die
„Vermischung politischer, militärischer und krimineller Fakten bot vielen, wenn auch zumeist unterbewußt, einen wilkommenen Anlaß, den gesamten Komplex ganz und gar auf die politische Seite und damit auf ein Gebiet zu schieben, für das man sich als ein durch die einschränkenden Maßnahmen der Besatzungsmächte weitgehend entmündigter Bürger nicht mehr verantwortlich fühlte“.
Die fehlende Abgrenzung politischer und krimineller Vorgänge bot also einen willkommenen Anlaß, die eigene moralische Schuld ebenfalls als „politischen Irrglauben“ zu deklarieren. Außerdem waren die entmündigten und notleidenden Deutschen an Politik nicht nur nicht interessiert, sondern sie sprachen auch den Alliierten das Recht ab, über deutsche Politik zu urteilen. Es setzte sich die Auffassung durch, der Nürnberger Prozeß und die folgenden alliierten Verfahren dienten hauptsächlich den außenpolitischen Interessen der Besatzungsmächte und stellten deshalb eine ungerechte „Siegerjustiz“ dar. Unterstützt wurde diese Haltung durch die Revision zahlreicher harter Urteile des amerikanischen Militärgerichts in Dachau und vor allem durch die juristischen Bedenken gegen die rückwirkende Anwendung des KRG Nr. 10. Obwohl die deutsche Justiz von Anfang an das „Sonderrecht“ nur widerstrebend angewandt hatte und sich seit 1951 durch die konsequente Behandlung der NS-Kriminalität mit Hilfe des Strafrechts deutlich absetzte, wurde die Verfahren vor deutschen Gerichten vielfach als „Fortsetzung der mit der Entnazifizierung begonnenen ‚Gesinnungsschnüffelei‘“ und der alliierten Prozesse aufgefaßt.
Zum anderen wurden Kriegsverbrechen und Verbrechen gegen die Menschlichkeit bereits vor dem IMT häufig in einem Atemzug genannt. Der „Unterschied zwischen einem völkerrechtlich nicht zu rechtfertigenden Exzeß einer im Krieg an sich als notwendig und rechtmäßig anerkannten Maßnahme und einer ‚eiskalten, unter Einsatz der ganzen Staatsmaschinerie geplanten Mordaktion‘“, den der SPD-Abgeordnete Arndt in der Verjährungsdebatte des Bundestages am 10. März 1965 hervorhob, verwischte in der Diskussion zusehends, so daß NS-Täter pauschal als „Kriegsverbrecher“ oder sogar „Kriegsverurteilte“ (so die DP in einer Anfrage im Bundestag) bezeichnet wurden. Weil aber Kriegsverbrechen „in der Vorstellung des Durchschnittsbürger auf der Unwertskala weit hinter dem rein kriminellen Rechtsbruch“ rangieren, wurde die Schuld auch von KZ- und Einsatzgruppenmördern im Bewußtsein der Bevölkerung relativiert. Aus diesen Gründen war die Strafverfolgung von NS-Verbrechen in den 50er Jahren wenig populär. Dem Druck der öffentlichen Meinung beugte sich auch der Autokrat Adenauer, um die Unterstützung der nationalistischen Kräfte für die Westintegration zu erhalten. Die Folge war eine „trügerische Ruhe“, bis der Ulmer Einsatzgruppenprozeß 1958 den Umfang der noch ungesühnten Verbrechen und die Notwendigkeit systematischer Ermittlungen deutlich machte. Die Ende 1958 eingerichtete Ludwigsburger Zentrale Stelle sollte die systematisch Vorermittlungen zu einzelnen Verbrechenskomplexen leisten und die Arbeiten der Landesjustizbehörden koordinieren. Trotz ihrer erfolgreichen Tätigkeit (allein 1959 wurden 400 Vorermittlungsverfahren eingeleitet, konnte sie die Zahl der eröffneten Hauptverhandlungen lediglich von 13 auf 21 pro Jahr erhöhen.
Hemmend wirkte auch die personelle Kontinuität im Justizapparat, die sich besonders bei der Behandlung der Justizverbrechen im Dritten Reich bemerkbar machte. Rechtspositivistische Argumentationen der Betroffenen („Was damals Recht war, kann heute doch nicht Unrecht sein“ – Marinerichter a.D. Filbinger) führten meist zu Freisprüchen. Einen gewissen Erfolg erzielte die DDR-Kampagne gegen „Blutrichter“ im Dienst der Bundesrepublik. 1960 wurden 20 Richter suspendiert (bei einem NS-Richter-Anteil von 40% relativ wenig), einer Aufforderung zum freiwilligen Ausscheiden folgten 150 Richter und Staatsanwälte. Härte zeigte die Justiz dagegen bei der Behandlung von Kommunisten, die z.B. in Wiedergutmachungsprozessen wegen erlittener KZ-Haft in den meisten Fällen leer ausgingen. Der Kalte Krieg unterstützte aber nicht nur die traditionell rechtslastige deutsche Rechtsprechung, sondern verhinderte auch eine Zusammenarbeit mit der DDR bei der Verfolgung von NS-Verbrechen. Die DDR nutzte daraufhin ihr Aktenmonopol (die meisten Akten der Reichsministerien waren bei Kriegsende ins Umland ausgelagert worden) für Kampagnen gegen BRD-Politiker. Prominentestes Opfer einer solchen Kampagne war der damalige Bundespräsident Heinrich Lübke. Er war zwar 1934 von den Nazis wegen „Korruption“ aus allen Ämtern entlassen worden und hatte 20 Monate in Untersuchungshaft gesessen, war 1937 aber als Vermessungsingenieur in ein für die Rüstungsindustrie tätiges Ingenieurbüro eingetreten, wo er angeblich auch KZ-Hätftlingsunterkünfte konstruiert hatte. Diese – wie sich später herausstellte – haltlosen Vorwürfe, die die DDR-Propaganda mit gefälschten Dokumenten untermauerte, wurde nach und nach auch von den westlichen Medien akzeptiert. Lübke sah sich dem „Druck der Straße“ ausgesetzt, dem er nicht weichen wollte. Einen Prozeß zur Klärung der Vorwürfe lehnte die Bundesregierung aus politischen Gründen ab: Sie wünschte keinen Kontakt zur DDR-Regierung und sah die Würde des Amtes bedroht. Das Amt wurde dann allerdings durch Lübke selbst beschädigt, der trotz seiner fortschreitenden Hirnerkrankung und häufiger Aussetzer im Amt blieb, sich gleichzeitig aber nicht an die fraglichen Jahre erinnern konnte. Erst 1969 trat er vorzeitig zurück, 1972 starb er an Magenkrebs. Die unterbliebene Zusammenarbeit mit der DDR und die folgenden Kampagnen schadeten aber nicht nur dem Ansehen der Bundesrepublik und den zu Unrecht Verdächtigten, sondern verhinderte auch die Verfolgung tatsächlich Schuldiger.
Das Gegenstück zur schleppenden Verfolgung von NS-Verbrechen bildete die Wiedergutmachungsdebatte. Die symbolische materielle Entschädigung für die überlebenden Opfer des Regimes war ein äußerst unpopuläres Thema. Zwar war die Entschädigung der aus rassischen, politischen und religiösen Motiven Verfolgten 1953 und 1956 bundeseinheitlich geregelt worden, aber in der Justizpraxis wurden viele Opfer diskriminiert. Bei Kommunisten galt, wie bereits erwähnt, die aktuelle Mitgliedschaft in der KPD als hinreichender Grund, jede Entschädigung zu verweigern. Sinti und Roma wurden nach einem Urteil des BGH erst ab dem 1. März 1943 aus rassischen Gründen verfolgt – tatsächlich wurden sie an diesem Tag massenhaft in KZ eingewiesen. Die bis zum 31. Dezember 1985 gezahlte Summe von 60 Mrd. DM verteilt sich deshalb ungerecht: Während gesellschaftlich anerkannte „Opfer“ wie der Bundestagspräsident Gerstenmaier mehr als 200.000 DM wegen einer entgangenen Professur erhielten, bekamen KZ-Häftlinge nicht mehr als 150 DM für jeden Monat Haft. Schwule und sogenannte „Asoziale“ wurden nicht entschädigt.
Bundeskanzler Adenauer hatte bereits am 11. November 1949 seinen Willen zur Wiedergutmachung an den Juden erklärt und dem 1948 gegründeten Staat Israel Produkte im Wert von 10 Millionen DM angeboten. Dagegen hatte Israels späterer Präsident Chaim Weizman schon im September 1945 die Alliierten aufgefordert, die Summe von 8 Milliarden Dollar bei den Deutschen einzutreiben; 1951 senkte er seine Forderung auf 1,5 Milliarden Dollar als Beitrag Deutschlands zur Eingliederung von 450.000 jüdischen Einwanderern in Israel. Schließlich wandte er sich an die Bundesregierung. In Deutschland gab es erheblichen Widerwillen gegen Zahlungen an den israelischen Staat, trotzdem stellte Adenauer mit Blick auf das Ansehen der Bundesrepublik Zahlungen in Aussicht. Nach einem Gespräch mit Narum Goldmann von der Jewish Claims Conference im Dezember 1951 erklärte er die Angelegenheit zur Chefsache und vereinbarte am Kabinett vorbei Verhandlungen im belgischen Wassenaar, die im September 1952 in das Luxemburger Abkommen mündeten. Es wurden Warenlieferungen im Wert von 3,45 Milliarden DM über einen Zeitraum von 12 bis 14 Jahren vereinbart, wovon auch die deutsche Wirtschaft profitierte. Die Abstimmung im Bundestag war problematisch: Während die SPD dem Gesetz geschlossen zustimmte, enthielten sich die Koalitionspartner FDP und DP sowie Adenauers Finanzminister, von 139 CDU-Abgeordneten stimmten nur 84 für die Vorlage. Eine Umfrage im September 1952 ergab, daß nur 11% der Deutschen das Abkommen in dieser Form billigten und nur 24% prinzipiell für eine Entschädigung der Juden waren. Andererseits bezeichneten 1967 38% der Befragten die Aussöhnung mit Israel als größte Leistung des gerade verstorbenen Altkanzlers.
In der Geschichtsschreibung macht seit einiger Zeit die „neue Rechte“ auf sich aufmerksam, die nicht nur dem NS-Regime Modernität bescheinigt, sondern auch für einen „unverkrampften“ Umgang mit dem Nationalsozialismus plädiert und die stattgefundene Beschäftigung mit den Verbrechen Nazideutschlands eher für zu weigehend hälz. Rainer Zitelmann, ihr führender Kopf, präsentierte in seiner Dissertation Hitler als Sozialrevolutionär und visionären Modernisierer, ohne die Instrumentalisierung der „Errungenschaften“ des Nationalsozialismus für Krieg und Völkermord zu reflektieren. Die Autoren dieser Richtung arbeiten nicht nur nachlässig (Beschränkung auf wenige Quellen, fehlende Quellenkritik), sondern mißbrauchen auch die Geschichtsschreibung für politische Propaganda.