Nach der endgültigen Niederlage der Caesarmörder bei Philippi wurden die Aufgaben neu verteilt: Antonius erhielt die Gallia Comata und Narbonensis sowie ein Kommando zur Ordnung des Ostens und sechs Legionen, Octavian erhielt fünf Legionen, von denen er zwei an Antonius übergeben mußte. Lepidus erhielt nur Africa, seine Bedeutung schwand bereits. Trotz Octavians Aufenthalt in Rom sollte Italien gemeinsam beherrscht werden. Die Verhältnisse waren jetzt klarer: die Republik war vernichtet, große Männer würden das Schicksal des Staates bestimmen. Neben Antonius (dem mächtigsten), Octavian, Lepidus und Sextus Pompeius standen auch Munatius Plancus, Lucius Antonius und Asinius Pollio bereit. Zum Glück für Rom gab es zu dieser Zeit innerer Wirren keine echten äußeren Gefahren: Italien, Spanien und Gallien waren befriedet, die Bergvölker der Alpen bis auf gelegentliche Raubzüge ungefährlich, Griechenland und Syrien römische Provinzen und die restlichen Staaten in latenter Abhängigkeit.
Antonius überließ die Verwaltung der Comata seinem Stellvertreter Fufius Callenus und zog in den Osten, wo er einen Feldzug gegen die Parther, die größte Bedrohung des Reiches, plante. Auf seinen Reisen durch Kleinasien forderte er gewaltige Tribute, verbesserte aber auch die Provinzstruktur und zeigte sich als Philhellene. Die östlichen Provinzen zeigten eine verdächtige Sympathie für den toten Cassius und die Parther. Durch die Verbindung mit Kleopatra (sie hatten gemeinsam zwei Kinder) und eine geschickte Politik gelang es Antonius, in fast allen umliegenden Staaten ihm freundlich gesonnene Herrscher an die Macht zu bringen. Auf Drängen des republikanischen Feldherrn Labienus begann der Partherkönig Pacorus einen Krieg und überraschte Antonius. Mitten in die Abwehrvorbereitungen kamen schlimme Nachrichten aus Rom.
Octavian hatte das schwierige Veteranenproblem zu seinem eigenen Vorteil genutzt: durch rücksichtslose Enteignungen hatte er zwar die plebs urbana und den Senat gegen sich aufgebracht, aber die Treue der Veteranen gesichert. Lucius Antonius, der Bruder des Marcus Antonius, stellte sich an die Spitze der Unzufriedenen und erklärte das Triumvirat für ungesetzlich. Damit wären auch alle Ansprüche der Veteranen verloren gegangen: das Heer stand also zu Octavian. Bei Perusia vernichtete Octavian im März 40 das Heer des Lucius Antonius und ließ die Stadt (ein republikanisch geprägter Ort) von seinen Soldaten plündern und ihre Nobilität ermorden. Nach dem Tod des Callenus ließ er außerdem die Gallia Cisalpina besetzen.
Auf diese Meldungen hin brach Antonius den Kampf gegen die Parther ab und zog nach Athen. Durch ein geheimes Abkommen zwischen Antonius und Sextus Pompeius beherrschten sie den gesamten Seeraum um Italien und konnten Octavian aushungern. Ein neuer Bürgerkrieg drohte. Brundisium verweigerte dem Antonius die Einfahrt und sein Heer solidarisierte sich mit dem gegnerischen. Die Kontrahenten waren gezwungen, ein neues Bündnis einzugehen, den Frieden von Brundisium (September 40): Octavian behielt die Cisalpina (nicht die Legionen), erhielt zusätzlich Illyrium und Antonius wurde der dauerhafte Vertreter Roms im Osten. Lepidus behielt die Provinz Africa. Außerdem heiratete Antonius, nachdem seine Frau gestorben war, Octavia, die jüngere Schwester des Octavian. Durch die Neuordnung war die Ost-West-Teilung des Reiches noch deutlicher geworden, obwohl sich an den privaten Klientelverbindungen der Triumvirn natürlich nichts geändert hatte.
Im Januar 39 wurde auch eine Einigung mit Sextus Pompeius gefunden (Vertrag von Misenum), nachdem dessen Seeblockade zu einer Hungersnot in Rom geführt hatte. Obwohl sein Gefolge den Triumvirn gegenüber mißtrauisch war, erklärte sich Pompeius zu Verhandlungen bereit. Als Gegenleistung für die Aufhebung der Blockade und die Bekämpfung der Piraten erhielt er Sardinien, Sizilien, Korsika und den Peleponnes für 5 Jahre, außerdem wurde ihm nach Ablauf dieses Kommandos das Konsulat versprochen. Octavian versprach den Soldaten des Pompeius eine staatliche Versorgung, um ihren Haß gegen das Triumvirat zu mindern. Durch die Ansiedlung in Italien waren sie dem Zugriff ihres Feldherrn im Fall eines neuen Krieges entzogen. Ende 39 kehrte Antonius in den Osten zurück, wo sein Stellvertreter Publius Ventidius Bassus erfolgreich gegen die Parther gekämpft hatte.
Währenddessen festigte Octavian seine Stellung in Italien. Caesars Vergöttlichung wurde endgültig bestätigt, wodurch Octavian die Position eines divi filius erhielt. Er änderte seinen Namen von Gaius Julius Gaii filius Caesar in Imperator Gaius Divi filius Caesar, was eine unerhörte Provokation darstellte. Von nun an war jeder gezwungen, ihn mit dem hohen militärischen Ehrentitel, den er als Vornamen verwandte, anzusprechen.Seit dem Abkommen mit Sextus Pompeius hatte er freien Zugang zu seinen Provinzen und konnte alle Ämter (außer dem Konsulat) an seine Anhänger vergeben. Er verliebte sich in Livia Drusilla, die Frau des zurückgekehrten Pompeianers Tiberius Claudius Nero, und erzwang ihre Scheidung, um sie zu heiraten. Trotz dieses skandalösen Verhaltens besserte sich seine Position stetig.
Als ein führender Admiral des Pompeius zu Octavian überlief und diesem Sizilien und drei Legionen übergab, erklärte Pompeius den Krieg und besiegte Octavian 38 in einer Seeschlacht. Gleichzeitig schlug sein Statthalter Agrippa in der Gallia Cisalpina einen Aufstand nieder. Dieses Mißverhältnis zwischen Ansehen und militärischem Talent (das Agrippa in hohem Maße hatte), begann Octavian zu schaden. Wegen des Verlusts seiner Flotte mußte er Antonius um Hilfe bitten.
Antonius zog im Frühjahr 37 mit 300 Schiffen zunächst nach Brundisium, dann nach Tarent und übergab Octavian 120 Schiffe gegen die Zusicherung von 20.000 Legionären, die er nie erhielt (Vertrag von Tarent). Agrippa baute mit diesen Schiffen die Flotte des Octavian wieder auf und schuf eine Meerverbindung zu zwei Seen in Kampanien, auf denen er Manöver abhalten konnte, um die Überlegenheit des Pompeius im Seekrieg zu beenden.
Trotz der Siege seiner Klientelfürsten im Osten konnte Antonius die Schwäche des Partherreiches nicht ausnutzen: erst im Frühjahr 36 begann er endlich seinen Feldzug. Nach einer Niederlage bei Phraaspa flohen die armenischen Hilfstruppen und Antonius mußte den Rückzug antreten, wobei er ein Drittel seines Heeres und den Ruf als bester römischer Feldherr verlor. Durch die Verbindung mit Kleopatra (deren Zwillinge er als seine Kinder anerkannte) und seine Versuche, sich als Reinkarnation des Dionysos darzustellen, bot er Octavian reichlich Angriffsfläche für dessen Propaganda, Antonius sei unrömisch und undiszipliniert.
Im September 36 errangen Octavian und Lepidus (mit Hilfe des Agrippa) bei Naulochos einen gewaltigen Sieg über Sextus Pompeius. Durch neuartige Enterbrücken konnte Agrippa eine Art „Feldschlacht zu Wasser“ führen, in denen die Legionen den Matrosen des Pompeius überlegen waren. Lepidus erhob Anspruch auf das Erbe des Pompeius, was Octavian verweigerte. Das Heer des Lepidus lief geschlossen zu ihm über, Lepidus mußte ins Exil gehen und Octavian übernahm Africa. Er senkte nun die Steuern und übergab die Sklaven aus Pompeius’ Heer an ihre ehemaligen Herren. Der Senat ließ ihm zu Ehren eine Siegessäule und einen Ehrenbogen errichten und veranstaltete einen Triumphzug. Er erhielt das Recht, einen Lorbeerkranz zu tragen und die Unverletzlichkeit eines Volkstribunen. Außerdem ließ er die Bürgerkriege feierlich für beendet erklären.
Damit hatte Octavian seine Konkurrenten im Westen beseitigt und war zum unbestrittenen Herrscher des Westens geworden, während Antonius im Osten eine große Niederlage erlitten hatte. Die zweite Phase des Wegs zur Alleinherrschaft des Octavian war Ende 36 v. Chr. beendet.