Trotz der weitgehenden Zugeständnisse im Vertrag von San Germano konnte Friedrich II. seine Macht weiter ausbauen. Im Herbst 1230 begannen die Arbeiten an den Konstitutionen von Melfi (von Friedrich II. als liber Augustalis bezeichnet), die im September 1231 auf einem Hoftag in Melfi beschlossen wurden. Der Kaiser zog Rechtsgelelehrte aus den Provinzen seines Landes an den Hof und ließ sie durch seine Hofjuristen unter Leitung des Erzbischofs Jacobus von Capua über das geltende Gewohnheitsrecht befragen. Auf späteren Hoftagen wurde das Gesetzeswerk erweitert, bis es 253 Konstitutionen in drei Büchern umfaßte. Ein großer Teil wiederholte nur bereits geltendes Recht (alte normannische Königsgesetze und das jura communia Siziliens), nur ein Fünftel waren neue Bestimmungen. Die Hauptleistung des Kaisers bestand in der Verschmelzung von altem und neuem Recht und der Einführung des Territorialitätsprinzips statt des alten Personenverbandsrechtes. Ein inhaltlicher Aufbau ist schwer zu erkennen, das erste Buch behandelt Ketzer, Friedensgesetze, Beamten- und Verwaltungsrecht, das zweite Buch das Prozeßrecht, das dritte Buch Lehens-, Standes- und Strafrecht.
Sehr modern war neben dem Inhalt auch die Begründung der Gesetze und der staatlichen Aufsicht insgesamt, die nicht mehr nur Gottes Willen wiedergaben, sondern auch durch necessitas (Notwendigkeit) und Vernunft legitimiert wurden. Die Fehde wurde verboten, um das staatliche Gewaltmonopol durchzusetzen und den Landfrieden zu erhalten, Gottesurteile (die Friedrich II. für unsinnig hielt) wurden abgeschafft und die Folter wie auch der politische Einfluß und die Justizhoheit der Stände stark eingeschränkt. Für Ärzte wurde eine strenge Prüfung und eine Gebührenordnung eingeführt, sie durften keine Mittel mehr herstellen, sondern mußten unter staatlicher Aufsicht von Apothekern produzierte Medikamente verschreiben, Handwerker wurden ebenfalls kontrolliert. Allerdings stand neben diesen fast neuzeitlichen Maßnahmen eine verschärfte Ketzerverfolgung (Verbrennung), die offenbar politisch motiviert war: einerseits wollte Friedrich II. die kaiserliche Schutzfunktion für die Kirche bekräftigen, andererseits waren seine Gegenspieler, die lombardischen Städte, Ausgangspunkt vieler Ketzerbewegungen. Zwar spiegelten die Konstitutionen von Melfi nicht unbedingt die persönliche Auffassung des Staufers wieder, aber sie trugen doch deutlich seine Handschrift und hatten die gleiche Tendenz wie seine übrigen Herrschaftsmaßnahmen in Sizilien.
Den Konstitutionen folgte unmittelbar (noch im Jahr 1231) eine Münzreform, die vor allem dem Außenhandel zum Aufschwung verhelfen sollte. Friedrich II. ließ Goldmünzen (Augustalen) prägen, die nach augusteischem Vorbild ein Porträt des Kaisers im Lorbeer mit der Umschrift Imperator Romanorum Caesar Augustus zeigten. Der Münzentwurf gilt als der schönste des Mittelalters und blieb prägend bis in die Renaissance. Der Außenhandel als wichtigste Geldquelle war staatlich gelenkt, diese zentrale Leitung bildete das charakteristische Element der friderizianischen Wirtschaftspolitik. Das Steuerwesen war hochentwickelt, 1223 war wegen der Sarazenenfeldzüge erstmals eine Generalkollekte erhoben worden, die 1227 wegen des Kreuzzuges wiederholt und seit 1235 regelmäßig eingezogen wurde. Die großen Staatsdomänen wurden an Bauern verpachtet, die adeligen Lehnsleute wurden zu sorgfältigerem Wirtschaften gezwungen, um die Versorgung der Bevölkerung sicherzustellen und den Export (fast ausschließlich agrarische Produkte) zu steigern. Kaiserliche Beamte übernahmen die Waren bereits auf den Landgütern und sorgten für Lagerung und Transport, wodurch auch Straßenbau, die Errichtung von Lagerhäusern und die Anlage von Seehäfen zunahm. Hauptexportartikel waren Getreide, Wein, Baumwolle und Zuckerrohr, Hauptabnehmer waren die arabischen Mittelmeeranrainer. Wegen des hohen Geldbedarfs der Staatskasse (für die Kriegführung) wurde der Export systematisch gefördert, währned die Importe sich auf das Notwendigste (Tuche, Metall usw.) beschränkten. Auch die städtische Wirtschaft fühlte sich gegenüber der exportorientierten Agragrwirtschaft vernachlässigt. Der Kaiser entmachtete Feudalherren und Bischöfe genau wie die autonomen Städte und setzte eigene Bürgermeister (Baiuli) ein. Diese Behandlung führte 1232 zu Aufständen, die aber im folgenden Jahr niedergeschlagen werden konnten. In Messina und Syrakus wurden die Anführer entgegen dem kaiserlichen Versprechen hingerichtet, kleinere Kommunen wurden aufgelöst, die Bewohner deportiert.
Die sizilische Staatsverwaltung beruhte auf besoldeten Beamten, nicht wie sonst üblich auf hohen Adeligen. Justitiare (vergleichbar mit den deutschen Grafen) fungierten als Verwalter in den zehn Provinzen des Königreiches. Dieses System war weit besser organisiert als in Deutschland. Sie hatten die Gerichtsbarkeit (monatlicher Gerichtstag), wobei sie von ausgebildeten Juristen unterstützt wurden, übernahmen militärische Aufgaben und die Polizeigewalt sowie Wirtschaft und Finanzen. Außerdem mußten sie bestimmte Sonderbefehle ausführen. Zu ihrer Amtsausübung standen ihnen Notare und Unterbeamte zur Verfügung, sie hatten keinen festen Amtssitz, sondern bereisten ihre Provinz ständig. Um eine persönliche Bindung an den Amtssprengel zu verhindern, blieben sie nur ein Jahr im Amt, mußten aus einer anderen Provinz kommen, einen Rechenschaftsbericht ablegen und durften weder Besitz noch Geschäfte oder eine Ehefrau in ihrer Provinz haben. Kontrolliert wurden diese Vorgaben durch die Untergebenen und die übergeordneten Justitiarenmeister, je einen für Insel und Festland. Diese wurden vom Justitiarengroßhofmeister (Großhofjustitiar) beaufsichtigt, der am Hof als Stellvertreter des Kaisers fungierte. Die Verwaltungsstruktur ähnelte einerseits dem Deutschen Orden, andererseits aber auch dem normannischen Königreich.
Außer der Kriegführung wurde auch eine rege Bautätigkeit durch die efektive Steuerpolitik finanziert. Friedrich II. baute für den Staat oder für sich selbst, bis zu seinem Tod stiftete er keine größere Kirche oder Klosteranlage (was ihm seine Gegner oft vorwarfen). Die unter seiner Herrschaft errichteten Kastelle und Schlösser lagen hauptsächlich in Süditalien, wie auch sein Herrschaftsschwerpunkt Apulien war. Dafür gab es politische (die strategisch günstigere Lage), aber auch persönliche Gründe (die wild- und waldreiche Gegend war ein gutes Jagdgebiet). Die Stadt Foggia in Apulien wurde deshalb zur kaiserlichen Residenz ausgebaut. Nach dem Ende der Staufer wurden die meisten Bauten zerstört oder umgebaut, nur das achteckige, aus fugenlosen Quadern gefügte Castel del Monte ist noch erhalten. Dementsprechend gering war die Wirkung der staufischen Architektur. Anders die bildende Kunst: antike Plastiken wurden an vielen Stellen aufgestellt und von den süditalienischen Künstlern hervorragend nachgeahmt.
Der persönliche Einfluß des Kaisers war auch in der geistigen Entwicklung spürbar. Die frühe Ausbildung Friedrich II. ist unklar, sicher ist, daß er sowohl mathematisch-naturwissenschaftlich als auch philosophisch hervorragend gebildet war. Er sprach das Volgare (die italienische Volkssprache), Latein, Griechisch, Hebräisch, Arabisch, Französisch, Provencalisch und Deutsch, war literarisch sehr interessiert, zog einen Kreis von Dichtern an sich und legte eine große Hofbibliothek an, die allerdings unter Karl I. von Anjou verkauft wurde. Der Dichterkreis am Hof bestand aus dem Kaiser selbst und seinen Söhnen, adeligen Beamten und bürgerlichen Juristen. Man orientierte sich an der provencalischen Troubadourdichtung und entwickelte wahrscheinlich auch die Form des Sonetts. Alle Texte wurden in Volgare verfaßt. Der Kaisersohn Enzio, der später von den Anjous in Bologna bis zu seinem Tod gefangen gehalten wurde, war ein ausgesprochen talentierter Dichter, während sein Vater eher mittelmäßig blieb. Allerdings verfaßte er ein hervorragend beobachtetes Buch „Über die Kunst der Jagd mit Falken“. Friedrich II. persönliche Geisteshaltung war kritisch, er übernahm Erkenntnisse nicht ungeprüft, sondern verließ sich hauptsächlich auf die eigene Beobachtung, eine für das Mittelalter untypische Haltung. Auch an Aristoteles kritisierte er, dessen Thesen basierten auf ungeprüften Voraussetzungen. Die Gelehrten und Philosophen am Hof (Michael Scotus, Petrus Hispanus, Theodor von Antiochien) entwickelten - anders als Thomas von Aquin oder Albertus Magnus - keine eigenen Lehren, trugen aber durch Übersetzung und Kommentare antiker und arabischer Autoren viel zu deren Verbreitung bei. Zwar arbeiteten sie noch nicht nach modernen wissenschaftlichen Maßstäben, aber die Wißbegier des Kaisers und seine Haltung erzeugten einen frühen empirischen Rationalismus in seiner Umgebung. Petrus de Vinea, seit 1243 Leiter der kaiserlichen Kanzlei, hatte einen großen Einfluß auf den Sprachstil der Korrespondenz, womit sie in Konkurrenz zur bis dahin rhetorisch führenden Kurie trat. In den Arengen der Kaiserurkunden wurde die Person Friedrich II. in seinem Sinn verherrlicht.
Die Lombardei war das Verbindungsglied zwischen Süditalien und dem Deutschen Reich, so daß die feindliche Politik der lombardischen Liga eine politische Neuordnung notwendig machte. 1231 berief der Kaiser einen Reichstag nach Ravenna ein, mußte aber, weil er ohne Heer erschienen war, die Sperrung des Passes bei Trient für die deutschen Teilnehmer durch die Liga hinnehmen und den Reichstag auf 1232 bei Aquileja verschieben (die deutschen Fürsten erreichten ihn auf Umwegen). Inzwischen hatte die Liga sogar ein Bundesheer aufgestellt und wurde deshalb mit der Reichsacht belegt, den bis dahin neutralen Städten verbot Friedrich II., einen Bürgermeister aus einer lombardischen Stadt zu wählen. Papst Gregor IX. versuchte, sich als Vermittler zugunsten der Städte einzuschalten, wurde aber vom Kaiser auf dessen Seite gezogen. Friedrich II. stellte das Ketzertum der Städte heraus und ließ auf dem Reichstag die Unterstützung der päpstlichen Inquisition beschließen. Auch im Konflikt mit seinem Sohn Heinrich (VII.) brauchte Friedrich II. die Unterstützung oder zumindest die Neutralität des Papstes. Nachdem Heinrich (VII.) einer Vorladung zum Reichstag erst bei Wiederholung gefolgt war, wurde sein politischer Spielraum in Aquileja durch kaiserliche Kontrolleure für das Deutsche Reich stark eingeschränkt. Ein freiwilliges Einlenken war nicht zu erwarten, Friedrich II. befürchtete deshalb ein Bündnis Heinrich (VII.) mit Gregor IX. Andererseits brauchte der Papst auch die militärische Unterstützung des Kaisers: nach einem Aufstand der Römer gegen ihren Stadtherrn hatte er seine Residenz bereits nach Viterbo verlegen müssen, nun dehnten die Stadtrömer ihre Herrschaft im Kirchenstaat weiter aus, so daß er im Juni 1232 ein Hilfegsuch an Friedrich II. schickte. Dieser verhängte die Reichsacht über die Römer und schickte (obwohl er selbst gerade den Aufstand der sizilischen Städte bekämpfen mußte) ein Heer zur Unterstützung des Papstes. Eine neue Ketzerbewegung in den Lombardenstädten fürhte zu einer weiteren Annäherung zwischen Kurie und weltlichem Herrscher (der Liga wurde eine Buß0e von 500 Rittern für einen Kreuzzug auferlegt), aber erst nach einem persönlichen Treffen von Kaiser und Papst im Juni 1234 schwenkte dieser auf die kaiserliche Linie um und nahm seine Vermittlerrolle nun ernst. Er forderte die Städte auf, deutsche Truppen nicht mehr vom Eintritt in Italien abzuhalten, worauf es zum Bündnis der Städte mit dem Kaisersohn Heinrich (VII.) kam. 1235 zog Friedrich II. zum letzten Mal nach Deutschland, um seinen Sohn zu bekämpfen.