Die Kreuznahme Friedrich II. bei der Krönung am 25. Juli 1215 hatte eine lange Tradition, außer Heinrich V. und Lothar III. waren alle seine Vorgänger eng mit dem Kreuzzugsgedanken verbunden. Die gehobene Stimmung anläßlich der Krönung oder auch eine gegen den päpstlichen Führungsanspruch gerichtete Politik spielten wohl weniger eine Rolle. Stattdessen erfüllte Friedrich II. mit dem Gelübde die Verpflichtung seines Vaters Heinrich VI., der vor dem Beginn seines Kreuzzuges gestorben war. Der politische Hintergrund der Kreuznahme war die bevorstehende Entscheidung über den Thronstreit auf dem 4. Laterankonzil.
Ein Kreuzzug ohne Teilnahme des Königs von 1219 bis August 1221 endete als Desaster, obwohl Honorius III., der ständig über die Lage der Kreuzfahrer informiert war, Friedrich II. zur Unterstützung aufgefordert hatte. Weil dieser wegen des Kampfes in Unteritalien nicht kommen konnte, wurde ihm alle Schuld zugeschoben. Auch bei neuen Kreuzzugsaufrufen konnte Friedrich II. immer neuen Aufschub erreichen, bis er sich im Vertrag von San Germano 1225 endgültig verpflichten mußte, am 1. August 1227 mit mindestens 1000 Rittern aufzubrechen, mindestens ein Jahr im heiligen Land zu kämpfen und den Transport für weitere 2000 Ritter mit Begleitung zu bezahlen. 100 Schiffe und 50 Galeeren sollten zwei Jahre einsatzbereit bleiben, 100.000 Goldunzen sollten beim Hochmeister des Deutschen Ordens Hermann von Salza als Sicherheit hinterlegt werden. Damit hatte der Kaiser zwei weitere Jahre Aufschub erreicht.
Vom Papst wurde eine Eheschließung Friedrich II. (der seit Constanzes Tod 1222 verwitwet war) mit Isabella von Brienne, der Erbin des Königreiches von Jerusalem, angebahnt, die die Bindung an das heilige Land verstärken sollte. Nach der Heirat am 9. November 1225 hatte Friedrich II. Anspruch auf die Königskrone von Jerusalem und forderte von ihrem Vater Johann von Brienne den förmlichen Verzicht auf alle königlichen Rechte, die dieser bisher für seine Tochter ausgeübt hatte. Nach einem Streit ging Johann ebenfalls ins Exil nach Rom, wo er den Kreis der Staufergegner verstärkte. Mit Friedrich II. Einzug in Jerusalem wurde die Erwartung einer neuen Friedenszeit verbunden. Eine weitere Verzögerung war unmöglich: im Sommer 1227 begannen die Vorbereitungen.
Im Hafen von Brindisi versammelten sich die Kreuzfahrer. Allerdings wurde die erwartete Teilnehmerzahl übertroffen, so daß Nahrung und Transportraum knapp waren. Hinzu kam eine Seuche, die in der Sommerhitze des Kreuzfahrerlagers ausbrach. Ein Teil des Heeres starb, viele flohen in die umliegenden Gebiete. Obwohl er selbst erkrankt war, brach der Kaiser mit dem ebenfalls erkrankten Landgrafen von Thüringen auf, kehrte aber nach dessen Tod um und zog sich in ein Bad zurück.
An Papst Gregor IX. schickte er eine Erklärung, die dieser trotz der offensichtlichen Unschuld des Kaisers ablehnte. Wie im Vertrag von San Germano angedroht, wurde Friedrich II. mit dem Kirchenbann belegt und über seinen Aufenthaltsort das Interdiktum verhängt. Das Verhalten des Papstes machte deutlich, daß ihm der Kreuzzug weniger wichtig war als ein Sieg über den Stauferkaiser. Obwohl Gregor IX. formal im Recht war, ergänzte der Papst seine Vorwürfe durch haltlose Behauptungen: der Kaiser habe die Aufbruchszeit bewußt in den seuchengefährdeten Spätsommer verlegt und die Schiffe und Nahrungsversorgung absichtlich verknappt. Die einzige Chance des Staufers war es, den Kreuzzug anzutreten und damit die Lösung vom Bann zu erzwingen. Er versprach, im Frühjahr 1228 aufzubrechen und leistete materielle und geistliche Buße. Nach dieser reuigen Haltung hätte der Bann bereits aufgehoben werden müssen, aber Gregor IX. erhob neue Vorwürfe wegen der Herrschaft im päpstlichen Lehen Sizilien und wiegelte die lombardischen Städte auf, um den Aufbruch des Kaisers zu verhindern. Trotzdem zog Friedrich II., nachdem er den Marschall Richard Filangieri mit 500 Rittern vorausgeschickt hatte, mit der Flotte unter Heinrich von Malta los. Reinhard von Spoleto wurde als Statthalter auf Sizilien eingesetzt.
Auf Zypern stellte er die von Heinrich VI. begründete Reichslehenschaft wieder her und übernahm die Vormundschaft für den minderjährigen zypriotischen König. Die Insel sollte als Stützpunkt für die weiteren Unternehmungen dienen. Den bisherigen Vormund Johann von Ibelin drängte er zur Teilnahme am Kreuzzug. In Akkon traf der Kaiser mit nur 1000 Rittern und 10.000 Pilgern ein, wegen des Kirchenbannes unterstützten ihn die Christen des Heiligen Landes nicht. Damit war er zu schwach, um sich militärisch durchsetzen zu können. Ein geplantes Bündnis mit Al Kammil, dem Sohn Sultan Saladins und Erben Ägyptens, gegen dessen Bruder Al Muazzam von Damaskus kam nicht zustande, weil Al Kammil sich wegen der verspäteten Ankunft Friedrich II. bereits an den Sultan von Mesopotamien gewandt hatte und die Hilfe des Staufers nicht mehr benötigte. Inhalt des Bundes wäre militärische Hilfe der Kreuzfahrer gegen Damaskus gewesen, dafür wäre dem Kaiser das Königreich Jerusalem übergeben worden.
Nun mußte neu verhandelt werden. Erst nach einem persönlichen Treffen Al Kammils mit Friedrich II., der die arabische Kultur gut kannte und den Sultan offenbar beeindruckte, wurde am 18. Februar 1229 ein Vertrag geschlossen, nach dem Friedrich II. Jerusalem mit Ausnahme des heiligen Bezirkes, Nazareth, Bethlehem und einen Küstenstreifen mit Sidon, Caesareia, Jaffa und Akkon erhalten sollte, außerdem sollte ein zehnjähriger Waffenstillstand gelten. Damit hatte der Kaiser ohne Blutvergie0ßen mehr erreicht als die christlichen Heere in den vergangenen Jahrzehnten. Trotzdem waren die Kurie und der Patriarch von Jerusalem unzufrieden, der Kirchenbann wurde nicht aufgehoben.
Nach dem Tod seiner Frau Isabella von Brienne am 8. Mai 1228 bei der Geburt ihres Sohnes Konrad (später IV.) war Friedrich II. nach jerusalemitischen Thronrecht nur noch als Vormund Konrads König von Jerusalem. Um seinen Anspruch zu unterstreichen, wollte er sich in der Grabeskirche nach der Teilnahme an einer Messe krönen lassen. Dieser Akt wäre (unter dem Bann) eine unerhörte Provokation gewesen, weshalb ihn sein Vertrauter Hermann von Salza (ein Vermittler zwischen Kurie und Kaiser) überredete, die Kirche erst nach der Messe zu betreten. Friedrich II. nahm die bereitliegende Krone und setzte sie sich auf, was aber keine „Selbstkrönung“ darstellte, sondern ein „unter Krone gehen“ des bereits gekrönten Herrrschers, die Präsentation der Gekröntheit. Ohne die Mitwikrung der Geistlichkeit wurde die Krönung nicht anerkannt, deshalb riefen die syrischen Barone kurz darauf Konrad IV. zum König von Jerusalem aus.
In einem nach der Krönung veröffentlichten Manifest an die Christenheit stellte der Kaiser die Ereignisse des Kreuzzuges dar und setzte sich selbst an die Stelle Christi (Davidskönigtum, David war nach christlicher Lehre eine Präfiguration Christi). Die Schrift begann mit den selben Worten wie das päpstliche Manifest von 1219, das die Eroberung Damiettes verkündet hatte, und war eine Demonstration des kaiserlichen Anspruches gegenüber der Kurie. Zu diesem Zeitpunkt war Friedrich II. schon über die Maßnahmen Gregor IX. in Süditalien, die ihn zum Abbruch des Zuges zwingen sollten (womit ein Grund für die Aufrechterhaltung des Bannes bestanden hätte), informiert. Der Patriarch von Jerusalem verhängte das Interdikt auch in seinem Bistum, so daß die Friedrich II. begleitenden Pilger und Kreuzritter keinen Gottesdienst besuchen konnten, so lange der Kaiser bei ihnen war. Auch die einheimischen Christen wurden gegen den Staufer aufgebracht, so daß dieser rasch nach Akkon aufbrechen mußte und von dort am 1. Mai 1229 Richtung Sizilien absegelte. Die Situation in in Italien und im Reich war alles andere als günstig: Gregor hatte die Lösung vom Treueid bekräftigt, die lombardischen Städte zum Widerstand aufgewiegelt und sogar erneut ein welfisches Gegenkönigtum initiiert. Päpstliche Söldner (nach ihrem Wappen „Schlüsselsoldaten“ genannt) drangen unter dem Kommando Johanns von Brienne nach Süditalien vor. Durch die Verbreitung des Gerüchtes, der Kaiser seit tot, konnten sie bis Apulien kommen, weil sich viele Städte erhoben und vom Staufer abfielen.
Am 10. Juni 1229 traf Friedrich II. in Brindisi ein, stellte rasch ein Heer aus Kreuzrittern, Sarazenen und Sizilianern zusammen und eroberte seine Gebiete zurück. Die von seinem Auftreten überraschten Städte unterwarfen sich sofort, in einigen Predigten wurde sogar der vom Kaiser in seinem Manifest vertretene Anspruch der Christusnachfolge übernommen und anerkannt. Ein Relief in der Kirche von Vionto zeigt die Stauferkönige im Jessebaum (dem Stammbaum Jesu). Im Eingangsbereich der Kirche von Cephalu wurden seine normannischen Vorfahren als Standbilder dargestellt, wo sonst nur israelitische Könige standen. Die Schlüsselsoldaten hatten keine Chance gegen das Heer des Kaisers, so daß Friedrich II. bis an die Grenze des Kirchenstaates vorrücken konnte. Widerstrebend erklärte sich Gregor IX. auf Druck seiner Kardinäle zu Verhandlungen bereit. Hermann von Salza und Kardinal Thomas von Capua handelten einen Frieden aus: der Kaiser wurde vom Kirchenbann gelöst und gab damit den Papstanhängern auf Sizilien eine Amnestie, erstattete die Kirchengüter zurück, verzichtete auf die Gerichtsbarkeit über Geistliche, verlieh ihnen Steuerfreiheit und gab sein Zustimmungsrecht zu Bischofswahlen ab. Der im Juni 1230 in San Germano auf Sizilien beschworene Vertrag wurde von den deutschen Fürsten garantiert. Friedrich II. brauchte diesen Frieden, um seine Herrschaft erneut zu festigen.