Instrument der SED-Repressalien war neben der Besatzungsmacht als Rückendeckung die Justiz. Zunächst hatte die sowjetische Militärjustiz im Zuge der Entnazifizierung die politischen Gegner der Kommunisten (aber auch Abweichler und Gegner der Enteignungen) inhaftiert, so daß zwischen 1945 und 1950 etwa 150.000 Personen in den Lagern der sowjetischen Geheimpolizei saßen. 50% der Häftlinge starben unter den unmenschlichen Haftbedingungen. Die Ende der 80er Jahre offiziell gemachten Angaben der sowjetischen Staatsführung sprechen von 123.000 Häftlingen und einer Todesrate von 33%. Weitere 75.000 Menschen wurden zur Zwangsarbeit in die UdSSR deportiert. Die Angst vor den Straflagern, die teilweise auf dem Gelände der ehemaligen KZ entstanden, erstickte fast jeden Widerstand. Das Netz der Überwachung war allerdings noch löchrig, da wenige Deutsche bereit waren, ihre Nachbarn bei den Besatzern zu denunzieren. Die deutsche Justiz war nach dem Willen der Sowjets naach 1945 gründlich entnazifiziert worden, ursprünglich hatte man sogar die Entlassung aller NSDAP-Mitglieder (80%) aus dem Justizapparat verfolgt. Diese unrealistische Forderung wurde später abgemildert und ein Teil der kleinen Angestellten wieder aufgenommen. Die Neubesetzung der vakanten Stellen war trotzdem ein großes Problem, dem man mit der Reaktivierung pensionierter Richter und der Ausbildung von „Volksrichtern“ beizukommen versuchte. Die Volksrichter wurden in Schnellkursen von sechs Monaten auf ihr Amt vorbereitet, wobei ein Teil der Ausbildung staatsbürgerlicher (politischer) Unterricht im Sinne der Kommunisten war. Ihre fachliche Qualifikation war dementsprechend zweifelhaft, weshalb die Dauer der Kurse mehrfach verlängert wurde. Trotz dieser Maßnahmen waren in den Jahren bis 1947 30% der Richter- und 10% der Staatsanwaltstellen unbesetzt. Das lag auch daran, daß die SED unbelastete, aber bürgerliche Juristen langsam ausmusterte und durch Parteimitglieder ersetzte. Diese machten 1947 erst 25%, 1950 aber schon 58% aller Richter aus, 86% davon waren Volksrichter. Da die bürgerlichen Juristen weiterhin „unpolitische“ Urteile fällten, ermächtigte man die linientreuen Oberlandesgerichtspräsidenten, rechtskräftige Urteile im Dienste der „Gerechtigkeit“ aufzuheben. Die weiterhin zögerliche Anwendung der politischen Vorgaben durch die Justiz führte zur Einführung eines neuen Wirtschaftsrechtes, dessen schwammige Bestimmungen zur „Sabotage“ oder „Zerstörung von Volkseigentum“ sich leicht politisch instrumentalisieren ließen. Im Juni 1948 wurde zusätzlich eine zentrale Kontrollkommission zur Aufdeckung wirtschaftsschädlichen Handelns eingerichtet, die auch in laufende Gerichtsverfahren eingreifen konnte. Zu diesem Zeitpunkt war das Rechtssystem in der sowjetisch besetzten Zone bereits stalinistisch, nach der Gründung der DDR wurden die Maßnahmen noch verschärft. Der Artikel 6 der DDR-Verfassung stellte neben Glaubens-, Rassen- und Völkerhaß auch Boykotthetze unter Strafe und bot sich zur Verwendung gegen politische Gegner an. Das Oberste Gericht und die Oberste Staatsanwaltschaft der DDR durften als unkontrollierte Instanzen im Sinne der SED auf allen Ebenen der Justiz eingreifen. Ihre ineffiziente Arbeit mündete 1952 in allgemeine Richtlinien für die einzelnen Gerichte. Das sowjetische Vorbild der scheinlegalen Verfolgung Andersdenkender war äußerst aufwendig, allein 1950 wurden 78.000 politische Delikte verhandelt. Als Ergänzung der Justiz wurde Anfang 1950 das dem Politbüro der SED unterstellte Ministerium für Staatssicherheit gegründet, um die Bevölkerung lückenlos zu überwachen. Die SED-Führung hatte anders als die sowjetischen Besatzer keine Probleme, Spitzel zu rekrutieren.
Zu diesem Zeitpunkt war der öffentliche Dienst bereits auf Linie. Obwohl 1948 schon 43,6% der Angestellten im öffentlichen Dienst SED-Mitglieder waren, drängte die Parteiführung auf noch stärkeren Einfluß. Im November 1949 wurden die Verwaltungen zur SED-Mitgliedschaft gezwungen – ein klarer Verstoß gegen die DDR-Verfassung. Tatsächlich bediente sich die SED mit ihrer Anlehnung an den Stalinismus ähnlicher Methoden wie die NSDAP, obwohl sie diesen Vorwurf scharf zurückgewiesen hätte. Wie kam es zu dieser totalitären Führung? Die Gründung der SED im April 1946 als Vereinigung von KPD und SPD war innerhalb der Ost-SPD nicht unumstritten, weshalb man zu Beginn einige Zugeständnisse machte. Als Leitbilder galten nicht Lenin und Stalin, sondern Marx und Engels, die Parteigremien wurden paritätisch mit SPD- und KPD-Mitgliedern besetzt. Von den 1,3 Millionen Mitgliedern brachte die SPD 680.000, die KPD 600.000 ein. Den Vorsitz übernahmen Wilhelm Pieck (KPD) und Otto Grotewohl (SPD) gemeinsam. Grotewohls Opportunismus wurde mit dem Amt des Ministerpräsidenten der DDR belohnt. 1947 gründete die sowjetische Führung wegen der eigenmächtigen Politik des jugoslawischen Staatschefs Tito das kommunistische Informationsbüro (Kominform), um die osteuropäischen Satellitenstaaten straffer zu führen. Die SED-Führung begrüßte den neuen stalinistischen Kurs und nutzte ihn, um Kritiker schon bei „begründetem Verdacht“ aus der Partei auszuschließen. „SPD-Anschauungen“ waren bereits länger verpönt, nun wurde auch die paritätische Besetzung aufgehoben, die ehemaligen SPDler abgedrängt (bis 1950 wurden 200.000 Mitglieder, zum großen Teil SPDler, ausgeschlossen) und der „deutsche Weg“ zugunsten einer strikten Orientierung an der UdSSR aufgegeben. In dieser „Partei neuen Typs“ waren Kritiker chancenlos, zumal ein Parteiausschlußverfahren meist auch den Jobverlust zur Folge hatte.
Währenddessen konnte Walter Ulbricht seine Position dank seiner guten Beziehungen zur Besatzungsmacht schrittweise ausbauen. Nachdem bis 1950 die Parteibasis gesäubert worden war, ging er daran, innerparteiliche Konkurrenten zu entmachten. Bereits im Januar 1949 hatte er sich fast vollständig durchgesetzt: Es galten die Prinzipien der Parteidisziplin und des „demokratischen Zentralismus“ (d.h. der hierarchischen Unterordnung), die Macht lag beim Politbüro mit sieben Mitgliedern (davon drei SPDler) und dem fünfköpfigen kleinen Sekretariat. In beiden Gremien spielte Ulbricht die führende Rolle. Beim 3. Parteitag der SED im Juli 1950 wurde der Parteivorstand durch das Zentralkommitee ersetzt und Ulbricht zum Generalsekretär gewählt. Mit der Führung der SED hatte er auch die Führung des Staates in der Hand. Die übrigen Parteien dienten nur noch als demokratische Fassade und als Mittler zwischen der Staatspartei und den SED-fernen Wählern. Die Volksvertretung übte nur noch Scheinfunktionen aus. Ulbricht orientierte sich sowohl an der stalinistische Willkürherrschaft als auch an der Politik Stalins gegenüber Konkurrenten: Mit Unterstützung der Sowjets stürzte er die Politbüromitglieder Paul Merker, Rudolf Herrnstadt und Wilhelm Zeissner. Die Abhängigkeit der DDR-Führung um Ulbricht zeigte sich in einem bizarren Stalin-Kult, der 1952 als „genialer Lehrer“ bezeichnet wurde. Nach dem Tod Stalins 1953 forderte die neue sowjetiswche Troika aus Malenkow, Berija und Molotow von der SED eine Abkehr vom harten Kurs. Ulbricht paßte sich der neuen Situation flexibel an und räumte sogar Fehler in der Vergangenheit ein. Der Rücknahme von Repressalien und Preissteigerungen, der geplanten Erhöhung des Lebensstandards und der Rechtssicherheit, der Geährung von Reisefreiheit stand allerdings die Erhöhung von Arbeitsnormen entgegen, die am 17. Juni 1953 zu dem von der SED so bezeichneten „faschistischen Putsch“ führte. Der Aufstand der Arbeiter gegen die Politik der Führung entlarvte die Legende von der „Arbeiterpartei“ und zwang Ulbricht zum nicht nur propagandistischen Schwenk. Andererseits ging er aus den Querelen sogar gestärkt hervor, indem er seinen Gegnern die Verantwortung für den 17. Juni zuschob und der sowjetischen Führung das Scheitern des neuen Kurses vorhalten konnte. Auch weiterhin war die Bundesrepublik für die Bürger der DDR attraktiver, sie versprach einen relativen Wohlstand und eine demokratische Ordnung.
1956 schien sich erneut eine Wende zum Besseren abzuzeichnen: Die sowjetische Troika war gestürzt worden, nun standen Nikolai Bulganin und Nikita Chruschtschow an der Spitze der UdSSR. Sie distanzierten sich deutlich von Stalin und zwangen Ulbricht, sich anzupassen. Bereits im März stellte er fest, Stalin sei „kein Klassiker“ gewesen, war innerhalb der auf den sowjetischen Diktator eingeschworenen SED Unruhen auslöste. In Reaktion auf Angriffe gegen Ulbrichts Kehrtwende wurde der Personenkult um Stalin geleugnet, einige prominente Ulbricht-Gegner rehabilitiert, 21.000 politische Häftlinge wurden freigelassen und die Fürhung versprach mehr Rechtssicherheit. In Wirklichkeit wurde der stalinistische Kurs der staatlichen Unterdrückung und Ausbeutung beibehalten. Oppositionelle Gruppen in der SED formierten sich und forderten einen „dritten Weg“ zwischen Sozialismus und Kapitalismus. Doch für einen Umbruch waren die Herrschaftsstrukturen bereits zu gefestigt. Auch ein Putschversuch der Politbüro-Mitglieder Karl Schirdewan und Ernst Wollweber gegen Ulbricht scheiterte 1958. In Polen und Ungarn war es 1956 zu Volksaufständen gekommen, die durch die Rote Armee unterdrückt wurden. Diese Demonstration von Gewalt ließ die Opposition in der DDR völlig verstummen, ihren aktiven Mitgliedern blieb nur die Flucht in den Westen.
Trotz des großen Flüchtlingsstroms von jährlich 100-200.000 Personen blieb die überwiegende Mehrheit der Bürger in der DDR und arrangierte sich mit dem System, auch wegen des leicht steigenden Lebensstandards, der Sicherheit im Alltag, der sozialen Errungenschaften und der Aufstiegsmöglichkeiten für Arbeiter. Das Verhalten der DDR-Bürger ähnelte der „inneren Emigration“, in die auch viele Deutsche im Dritten Reich gingen. Sie überwinterten im System und nutzten die persönlichen Freiräume. Insofern war das westliche Klischee einer strikt antikommunistischen, gewaltsam unterdrückten DDR-Bevölkerung nur teilweise richtig. CDU und LDP waren mittlerweile völlig gleichgeschaltet, die SED herrschte unangefochten. Das Ausbluten der DDR-Opposition nach 1956 und die Resignation der Bevölkerungsmehrheit hatten Ulbrichts Position weiter gestärkt, so daß er 1958 eine neue Phase beim Aufbau des Sozialismus einleiten konnte. 1959 wurden neue Kollektivierungsmaßnahmen angeordnet, Bauern und Handwerker in Produktionsgenossenschaften gezwungen. Das im April 1961 verabschiedete Gesetzbuch der Arbeit stellte die Erfüllung der Produktionsvorgaben in den Vordergrund, ein Streikrecht war nicht enthalten. Die harte Linie führte zu einer neuen Flüchtlingswelle, auf die die DDR-Führung im August 1961 mit dem Mauerbau reagierte. Damit war die DDR vollkommen abgeriegelt. Gesellschaft, Wirtschaft und Staat waren vollkommen umgewandelt, das Oppositionspotential durch die jahrelange Fluchtbewegung relativ gering.
Um die weiterhin vorhandenen oppositionellen Strömungen einzudämmen, setzte das Regime nun nicht mehr auf die „eiserne Hand“: Man räumte die stalinistischen Verbrechen ein und verzichtete auf direkte Gewalt, um die Opposition nicht zu vernichten, sondern zu neutralisieren. Der wirtschaftliche Aufschwung unterstützte die Bemühungen, und der stalinistische Personenkult wurde ab 1960 durch einen Kult um Ulbricht ersetzt. Erst 1985 wuchs sich die Opposition, die unter kirchlichem Schutz überwintert hatte, durch den Anstoß der Gorbatschowschen Perestroika zur Massenbewegung aus.