Die Liberalen verloren mit der Wahl Theodor Heuss‘1949 zum ersten Bundespräsidenten ihre Überfigur. Der nachfolgende Vorsitzende Blücher mußte im Vergleich mit Heuss blaß bleiben. Es gelang ihm nicht, den Gegensatz zwischen Nationalliberalen, die vor allem in Nordrhein-Westfalen, Hessen und Niedersachsen stark vertreten waren, und Linksliberalen in der Partei auszugleichen. Eine Koalition der FDP in Baden-Württemberg mit SPD und BG/BHE führte zu heftigen Protesten des nationalliberalen Flügels, der sogar ein Parteiausschlußverfahren gegen den FDP-Landesvorsitzenden Meyer forderte. In Folge dieser Querelen sackte die Partei bei der Bundestagswahl 1953 auf 9,5% ab. Der neue Vorsitzende Thomas Dehler, der als Justizminister im ersten Kabinett noch ein Anhänger Adenauers gewesen war, versuchte das Profil der FPD gegenüber der Union zu schärfen und wandelte sich – auch aus persönlichen Motiven, er hatte kein Ministeramt mehr erhalten – trotz der Regierungsbeteiligung zum Gegner der Politik des Bundeskanzlers. 1956 probten die Liberalen angesichts der Unionspläne zu einem reinen Mehrheitswahlrecht sogar den Aufstand und stürzten den CDU-Ministerpräsidenten Arnold in Nordrhein-Westfalen. Obwohl sie ihre Macht wirkungsvoll demonstriert hatte, zerfiel die FDP-Fraktion wegen der Frage einer Landeskoalition mit der SPD. Erst beim Berliner Parteitag 1957 gelang es Dehler wirkungsvoll, die FDP eindeutig nach links zu verlagern und sie gleichzeitig scharf von CDU und SPD abzugrenzen. Der Erfolg des Konzepts wurde zunächst verhindert: Die Union erreichte bei der Bundestagswahl die absolute Mehrheit. Aus der Opposition heraus beruhigte der neue Vorsitzende Reinhold Meyer die zerstrittene Partei, so daß der ab 1960 amtierende Vorsitzende Erich Mende bei der Bundestagswahl mit seiner Anti-Adenauer-Kampagne überragende 12,8% der Stimmen erlangen konnte. Der Eintritt in eine Regierung unter Adenauer und damit der Bruch ihres Wahlversprechens brachte der FDP allerdings das Etikett der „Umfallerpartei“. Auch der Verzicht Mendes auf ein Ministeramt konnte diese Blamage nicht mildern. Trotzdem etablierte sich die FDP im Parteiensystem und war (abgesehen von der kurzen Zeit der Großen Koalition) bis 1998 an allen Regierungen der Bundesrepublik beteiligt.