Der Tod Philipps hatte die staufischen Kreise schwer getroffen, es gab keinen direkten Nachkommen und Friedrich II. hatte als sizilischer König eigentlich keine Chance. Daher wurde Ottos erneute Kandidatur allgemein unterstützt und er am 11. November 1208 auf einem Hoftag in Frankfurt erneut (diesmal einstimmig) gewählt. Wie geplant, heiratete er eine Tochter Philipps und übernahm zusätzlich Philipps Berater. Innozenz III. war noch unbeteiligt, obwohl sich Otto intensiv um seine Zustimmung bemühte. Päpstliche Legaten forderten eine Erweiterung der Neusser Eide als Gegenleistung für die Kaiserkrönung. Am 22. März 1209 entsprach Otto in Speyer dem Wunsch des Papstes und schwor, Gehorsam zu leisten, die Bischofswahlen nicht zu beeinflussen, Apellationen an die Kurie nicht zu behindern, auf das Spolienrecht zu verzichten, sich nicht in geistliche Angelegenheiten zu mischen, der Kirche gegen Ketzer zu helfen, die Rekuperationen anzuerkennen und die Kurie in Sizilien zu unterstützen. Diese eindeutig unterwürfige Haltung schien aber nur eine politische Taktik zu sein, denn schon bei den Verhandlungen waren keine Reichsfürsten als Zeugen anwesend.
Im Frühjahr 1209 forderte Otto denn auch entgegen der Absprachen alte Reichsrechte in Italien ein, unter anderem die rekuperierten Gebiete. Den schon im März beschlossenen Romzug trat er Ende Juli an und traf Innozenz III. im September 1209. Bei diesem Treffen lehnte er einen Eid vor der Kaiserkrönung ab. Obwohl ihn die Kardinäle warnten, krönte der Papst Otto IV. am 4 Oktober 1209 zum Kaiser, dem Krönungseid wurde der Schutz und die Wahrung der Kirche hinzugefügt. Nach der Krönung kam es zu Schlägereien zwischen Römern und Deutschen, so daß Otto abzog. Wegen eines Aufstandes in Sizilien kam es zum offenen Bruch mit Innozenz III.: der Kaiser wollte die Schwäche Friedrich II. ausnutzen und die Königreiche vereinigen. Er sah sich jetzt trotz seiner welfischen Herkunft als Vollender staufischer Politik und bezog sich häufig auf Heinrich VI. Außerdem konnte Friedrich II. ihm als Erbe des staufischen Hausgutes Schwaben und Sohn Heinrich VI. gefährlich werden. Otto war, um sein Ziel zu erreichen, bereit, die Eide zu brechen und den Bann zu riskieren. Nach einem einjährigen Feldzug durch Italien erreichte er die Südspitze Kalabriens, Innozenz III. hatte ihn nicht aufhalten können. Am 18. November 1210 betrat er mit seinem Heer Sizilien. Der Papst versuchte nun, in Deutschland einen Aufstand zu schüren, um Otto zur Umkehr zu zwingen. Der französische König Philipp II. August empfahl die Aufstellung Friedrich II. als Gegenkönig, Innozenz III. folgte diesem Rat, obwohl auch vom Staufererben Gefahr drohen konnte. Aktuell war er aber das kleinere Übel, zumal der Papst als ehemaliger Vormund persönlichen Einfluß auf ihn üben konnte. Im September 1211 wurde Friedrich II. mit päpstlicher Zustimmung ausdrücklich zum Kaiser gewählt, zwar von einer Minderheit der Fürsten, darunter aber die mächtigen König Ottokar von Böhmen, Landgraf Hermann von Thüringen und Erzbischof Siegfried von Mainz. Nach Erhalt dieser Nachrichten zog sich Otto tatsächlich zurück und erreichte Deutschland im Februar 1212.
Friedrich II. war zu diesem Zeitpunkt 17 Jahre alt und lebte seit seiner Krönung 1198 in Palermo. Seinen Herrschaftsanspruch mußte er gegen die staufischen Fürsten (u.a. der Reichstruchseß Markwart von Anweiler) durchsetzen, die der Ausweisung durch Friedrich II. Mutter Constanze Widerstand leisteten und sich mit Gewalt gegen behaupteten, wobei sie von Philipp von Schwaben unterstützt wurden. In Palermo selbst herrschte bis zum Jahr 1201 in Friedrich II. Namen ein normannisches „Familiarenkolleg“ unter dem päpstlichen Vertrauten Walther von Baliara als Kanzler. Dann eroberte Markwart von Anweiler die Stadt und setzte sich selbst zum „Kapitän“ über das sizilische Reich. Ihm folgte nach seinem Tod 1202 ein weiterer deutscher Kapitän, im November 1206 wurde Palermo durch Baliara zurückgewonnen. Bis 1208 brach die deutsche Macht auf Sizilien völlig zusammen.
Am 26. Dezember 1208 endete mit dem 14. Geburtstag Friedrich II. (und dem seiner Mündigkeit) die Regentschaft Innozenz III., allerdings hatte der Papst den Kurs des jungen Königs seit Jahren beeinflußt und kontrolliert. Friedrich II. akzeptierte auch eine vom Papst angebahnte Heirat mit Constanze, einer zehn Jahre älteren Tochter Peter von Aragons, wobei er allerdings vor allem die militärische Unterstützung Aragons gegen die apulischen Fürsten im Auge hatte. Am 15. August 1209 landete die Braut mit 500 aragonesischen Rittern zur Rückeroberung der süditalienischen Gebiete auf Sizilien. Durch die Pest gab es einen Rückschlag bei diesem Unternehmen, trotzdem konnte Friedrich II. seine Herrschaft festigen und sich weiter von Innozenz III. lösen. Im Feburar 1210 setzte er die Entlassung Walther von Baliaras als Kanzler durch. Durch Ottos Einfall in Sizilien kam es allerdings zu einer Wiederannäherung zwischen Innozenz III. und Friedrich II.
Nach Ottos Abzug wurde Süditalien von den königlichen Truppen besetzt, kurz darauf, im November 1211, wurde Friedrich II. die Wahlnachricht aus Nürnberg überbracht. Seine Wähler luden ihn ein, sich nach Deutschland zu kommen und sich krönen zu lassen. Überraschend nahm er diese Einladung an, obwohl er in Sizilien verwurzelt und seine Herrschaft gefestigt war, während er in Deutschland kaum Rückhalt hatte und sowohl seine Ratgeber als auch seine Frau Constanze (die großen Einfluß auf ihn hatte) abrieten. Aber wahrscheinlich war Friedrich II. klar, daß er nur durch einen Sieg über Otto die latente Bedrohung Siziliens endgültig abwenden konnte. Außerdem wurde er sich wohl zunehmend seiner staufischen Herkunft bewußt und nahm die entsprechende Ideologie an.
Im März 1212 brach der König von Sizilien mit geringem Geleitschutz auf und traf in Rom zum ersten und einzigen Mal persönlich mit Innozenz III. zusammen. Er leistete den Lehnseid für Sizilien und machte die üblichen Zugeständnisse (Spolien- und Regalienrecht usw.). Dafür wurde er vom römischen Volk zum künftigen Kaiser akklamiert und erhielt einen päpstlichen Legaten, der seine Autorität in Deutschland stützen sollte. In St. Gallen konnte er 300 Ritter in Empfang nehmen, mußte aber den Brennerpaß, den die Anhänger Ottos gesperrt hatten, umgehen. Im September 1212 stand er vor Konstanz. Otto hatte die große Gefahr, die vom staufischen Erben ausging, erkannt und alles getan, um seine Herrschaft nach seiner Rückkehr (Februar 1212) zu festigen. Allerdings hatte er einen schweren Stand gegen die päpstliche Propaganda, die verbreiten ließ, Otto wolle die Fürsten unterdrücken, Steuern erheben und Kirchengut einziehen. Es entstand eine latente Opposition, die sich insgeheim auf die Seite des Staufers stellte. So öffnete auch der Konstanzer Bischof die Stadttore, nachdem der päpstliche Legat den Bann Ottos proklamiert hatte. Zur Belagerung der Stadt hatte der heranrückende Welfe nicht genug Truppen, so daß er abziehen mußte. In einer zeitgenössischen Chronik wurde die Entscheidung als sehr knapp dargestellt.
Mit Konstanz hatte Friedrich II. das Tor nach Schwaben in der Hand. Der Zug durch das staufische Hausgut gestaltete sich dann auch als Triumph, wegen der staufischen Herkunft des neuen Königs, aber auch wegen der Autorität des päpstlichen Legaten. Seinen Geldmangel konnte er durch ein neues staufisch-kapetingisches Bündnis beheben: am 19. November 1212 traf er sich mit dem französischen Thronfolger Ludwig VIII. und bekam 20.000 Silbermark, mit denen er Fürsten und Städte bestechen konnte. In Frankfurt ließ er sich schließlich am 5. Dezember 1212 zum dritten Mal (nach 1196 und 1211) wählen, vier Tage später krönte ihn der Mainzer Erzbischof Siegfried II. von Eppenstein in Mainz. Um sich die Unterstützung des Papstes zu erhalten, unterzeichnete der junge König am 12. Juli 1213 die Goldbulle von Eger, in der er auf das Spolien- und Regalienrecht verzichtete, dem Papst Hilfe gegen Ketzer versprach und die Rekuperationen der Kurie sowie die Herrschaft des Papstes im Kirchenstaat anerkannte. Anders als die Neusser Eide Ottos wurde diese Vereinbarung reichsrechtlich durch mehrere fürstliche Siegel bestätigt, sie löste damit die Bestimmungen des Wormser Konkordats von 1122 ab.
Otto hatte mittlerweile erfolglos gegen Magdeburg und den Landgrafen von Thüringen gekämpft und richtete sich nun gegen den französischen König Philipp II. August, der als Geldgeber Friedrich II. seinen Hauptfeind darstellte. Mit Hilfe seines Onkels Johann Ohneland von England wollte er Frankreich angreifen. England war zu diesem Zeitpunkt mit dem päpstlichen Interdikt belegt, das alle Gottesdienste und jede geistliche Zuwendung verbot, Johann selbst war 1209 wegen der Wahl eines Erzbischofs exkommuniziert worden. 1213 gab Innozenz III. Philipp II. August den Auftrag, den kirchlichen Bann „kriegerisch zu vollstrecken“. Daraufhin unterwarf sich der englische König (dessen Rückhalt im Volk schwand) und der Papst untersagte einen Angriff auf England. Nun wurde ein welfisch-englisches Bündnis geschlossen, das einen Doppelangriff auf Frankreich vorsah: Johann sollt ein Poitou den Thronfolger Ludwig VIII. angreifen, während Oto mit den durch Frankreichs Dominanz bedrohten Rheinfürsten gegen Philipp II. August selbst bei Bouvine kämpften. In beiden Schlachten siegte die französische Seite, obwohl Otto in der Schlacht bei Bouvine am 27. Juli 1214 im Prinzip die bessere Ausgangsposition hatte. Ein beschädigtes deutsches Feldzeichen wurde an Friedrich II. gesandt (Bouvines wurde noch Jahrhunderte später als nationaler Sieg über die Deutschen gefeiert - eine Monographie von GEORGE DUBY basiert auf einem zeitgenössischen Tatenbericht Philipp II. Augusts). Otto mußte fliehen und starb am 19. Mai 1218 relativ unbeachtet. Der Thronstreit war mit dieser Niederlage entschieden. Das französische Königtum wurde durch diesen Sieg gefestigt, während der König in England vom Papst lehensabhängig wurde und den Herzögen und Bürgern in der Magna Charta von 1215 erhebliche Zugeständnisse machen mußte. In Deutschland herrschte Friedrich II. nun unangefochten. Auch die päpstliche Politik hatte bei Bouvines gesiegt, denn Innozenz III. unterhielt enge Beziehungen zu Frankreich und war mit Otto verfeindet.