Der formalen Auflösung Preußens, das drei Fünftel des deutschen Reichsgebietes ausgemacht hatte, im Februar 1947 war bereits seine faktische Aufteilung in die Besatzungszonen unmittelbar nach Kriegsende vorausgegangen:
| US-Zone | Bayern, Hessen, Württemberg-Baden, Enklave Bremen |
| britische Zone | Hamburg, Schleswig-Holstein, Niedersachsen, Nordrhein-Westfalen |
| französische Zone | Rheinland-Pfalz, Württemberg-Hohenzollern |
| sowjetische Zone | Mecklenburg-Vorpommern, Thüringen, Sachsen, Sachsen-Anhalt, Brandenburg |
Die Besatzungszonen stellten zunächst reine Verwaltungseinheiten dar, die sich aber aufgrund unterschiedlicher politischer Vorstellungen der Alliierten rasch voneinander abgrenzten. Die deutschen Administrationen wurden auf allen Ebenen von Militärregierungen kontrolliert. In der sowjetischen Zone wurde bereits am 27. Juli eine zonale Institution als „Keimzelle gesamtdeutscher Verwaltung“ eingerichtet, Großbritannien folgte dem sowjetischen Vorbild durch die Einrichtung von fünf Zonenzentralämtern. Die USA favorisierten dagegen einen einen föderalen Länderrat, der sich aus Vertretern der einzelnen Länder zusammensetzte. Die Franzosen opponierten besonders engagiert gegen die in Potsdam geplanten zentralen Stellen: Sie forderten aus Sicherheitsgründen ein extrem föderales System ohne Zentralgewalt für ganz Deutschland und schotteten deshalb ihre Zone nach außen ähnlich wie die Sowjets ab. Innerhalb der französischen Zone gab es auf deutscher Seite keine länderübergreifenden Gremien. Die geplante Demokratisierung wurde in allen Zonen rasch vorangetrieben: in der US-Zone fanden bereits am 30. Juni 1946 Wahlen zu Länderparlamenten statt, die sowjetische Zone folgte im Oktober 1946, in der britischen und französischen Zone wurde im April bzw. Mai 1947 gewählt.
Die im Potsdamer Abkommen angestrebte Wirtschaftseinheit Deutschlands blieb wegen der Vorbehalte der Sowjets und der Franzosen bis zum Sommer 1946 unvollendet, die Pariser Außenministerkonferenz der Alliierten von April bis Juli 1946 brachte ebenfalls keine Fortschritte. Die britische Seite fühlte sich von der sowjetischen Politik in Deutschland und Osteuropa provoziert und erwog sogar, die alliierte Zusammenarbeit aufzukündigen. Um eine weitere Eskalation zu vermeiden, lud US-Außenminister Byrns die übrigen Besatzungsmächte ein, ihre Zonen mit der amerikanischen zusammenzulegen und so die weiterhin schwierige wirtschaftliche Lage zu verbessern. Nur die Briten nahmen das Angebot an. Im August 1946 begannen konkrete Verhandlungen über die Bildung eines Vereinigten Wirtschaftsgebietes („Bizone“), die am 1. Januar 1947 offiziell gebildet wurde. Sie war als Zwischenlösung mit der ausdrücklichen Option der Ausweitung auf die anderen zwei Zonen gedacht. Innerhalb ihres lockeren Verbundes existierten fünf verschiedene Wirtschaftsbehörden zur Koordination der Länder, aber es fehlte eine vermittelnde übergeordnete Stelle; die Aufsicht über das gesamte Gebiet lag allein bei einem britisch-amerikanisch besetzten Militärgremium. Hinzu kamen die strukturellen Unterschiede der Institutionen in der britischen und der amerikanischen Zone (zentralistisch vs. föderal) und die Konkurrenz zwischen den bizonalen Wirtschaftsbehörden sowohl untereinander als auch mit den Ländern. Besonders den Ländern war die Bizone trotz des amerikanischen Einflusses noch zu zentralistisch, Kompetenzen wurden nur unter Druck an die zonalen Behörden abgetreten. Unter diesen Voraussetzungen blieb der Erfolg aus, die Lage verschlechterte sich sogar infolge des heißen und trockenen Sommers 1946 und des harten Winters 1946/47. Innerhalb eines Jahres (Juli 1946 bis Juni 1947) importierten Briten und Amerikaner 1,56 Milliarden Tonnen Lebensmittel in ihre Zonen, trotzdem mußte die Bevölkerung in manchen Gebieten mit 800 Kalorien täglich auskommen. Nach einer weiteren ergebnislosen Konferenz der Außenminister in Moskau (März/April 1947) wurde die Bizone deshalb reorganisiert: Ein zentraler Wirtschaftsrat sollte gemeinsam mit dem Länderrat als 2. Kammer die Aufgaben eines „Parlaments“ auf deutscher Seite übernehmen. Dieser ersten Maßnahme folgte im Dezember 1946 (nach der gescheiterten Londoner Außenministerkonferenz im November) eine Erweiterung des Wirtschaftsrates (von 52 auf 104 Sitze) sowie die Gründung eines Verwaltungsrates, der als Exekutive fungierte. Die Institutionen der Bizone nahmen zusehends staatliche Formen an. Kurz darauf wurden die Bizone und die französische Zone nach starkem amerikanischem Druck – man drohte, die Marschallplanhilfe für Frankreich einzustellen – zur Trizone vereinigt.
In der sowjetischen Zone hatten die Militärs bereits früher mit der Bildung deutscher Zentralverwaltungen für Wirtschaft, Justiz, Bildung und Inneres begonnen, sich aber dann zurückgehalten, um nach den Entwicklungen in der Bizone nachzuziehen und die Verantwortung für die deutlicher werdende Teilung den Westmächten zuzuschieben. Vor allem die Kompetenzen der Deutschen Wirtschaftskommission (DKW), die als eine Art Superministerium für die gesamte sowjetische Zone fungierte, wurden stark auf Kosten der Länderverwaltungen ausgeweitet, eine Entwicklung, die zur faktischen, wenn auch nicht formalen Auflösung der Länder bis 1990 führte. Die wichtigste wirtschaftliche Maßnahme war die Bodenreform bis zum November 1945, bei der nach dem Motto „Junkerland in Bauernhand“ alle Grundbesitzer ab einer bestimmten Hofgröße entschädigungslos enteignet wurden. Zur „politischen Säuberung der Wirtschaft“ gehörte auch die Beschlagnahmung großer Industriebetriebe als Reparationsleistung oder ihre Überführung in volkseigene Betriebe (VEB). Vorgabe der Sowjets für die deutsche Verwaltung war der „demokratische Sozialismus“ als Entwicklungsprinzip, was in der Praxis eine Entscheidungsbefugnis der zentralen Stellen ohne demokratische Kontrolle bedeutete.