Am 8. Januar 1198 starb Papst Cölestin III. im Alter von 92 Jahren. Wegen seines hohen Alters waren die Weichen für eine Neuwahl schon länger gestellt: Lothar von Seni, mit 37 Jahren das jüngste Mitglied der Kurie, wurde zum Papst gewählt und am 22. Februar 1198 als Innozenz III. geweiht und inthronisiert. Er war bereits mit 29 Jahren Mitglied des Kardinalskollegiums geworden, hatte in Paris Theologie und in Bologna Jura studiert und in seinen in Paris erschienenen theologischen Schriften seine Sprachgewandtheit, seine theologische Ernsthaftigkeit und seine juristische Bildung bewiesen. Intellektuell war er den meisten seiner Vorgänger überlegen, seine herausragenden Fähigkeiten stellte er in den Dienst seiner Idee von der Allgewalt des Papstes: er nannte sich vicarius Christi statt vicarius Sancti Petri und beanspruchte die Richterfunktion über alle weltlichen Herrscher. Nach Johannes Haller war er der erste Papst, der diese schon früher entstandene Idee tatkräftig umsetzte. Allerdings hatten der Tod Heinrich VI. und der folgende Thronstreit, die antistaufischen Aufstände in Italien und die Vormundschaft für den minderjährigen Friedrich II. auch erst eine entsprechende Situation geschaffen.
Zunächst versuchte Innozenz III., eine Umklammerung durch die vereinigten Reiche von Deutschland und Sizilien dauerhaft auszuschließen, indem er den deutschen Thronerben als Vormund klar auf Sizilien festlegte und gleichzeitig den Kirchenstaat durch den Ausbau Roms zur weltlichen Hauptstadt und die Übernahme der städtischen Verwaltung sowie durch Rekuperationen (auf alten Rechtstiteln beruhende Gebietseinziehungen) bedeutend stärkte. Mehrere zwischen der Kurie und dem Reich umstrittene Gebiete (Umbrien, Mark Ancona, das Herzogtum Spoleto) wurden übernommen, die Fläche des patrimonium Petri verdoppelte sich und reichte jetzt von Küste zu Küste. Die päpstliche Machtbasis war gesichert.
Die deutsche Doppelwahl von 1198 kam Innozenz III. zwar sehr gelegen, wurde aber nicht von ihm initiiert. Er zögerte sogar sien Eingreifen zugunsten des für ihn vorteilhafteren Kandidaten Otto IV. hinaus. Während er die Wahlanzeige Philipps völlig unbeachtet ließ, blieb diejenige Ottos immerhin ein 3/4 Jahr unbeantwortet. Die Wichtigkeit dieser Angelegenheit für den Papst zeigt aber die Einrichtug eines Sonderregisters über den Streit: das regestum super negotio imperii (RNI) enthielt nicht wie die Hauptregister nur die ausgehenden, sondern auch die eingehenden Schriftstücke (insgesamt 194 aus der Zeit von 1199 bis 1209), die offenbar die Position des Papstes rechtfertigen sollten. Die Herrschaft Ottos IV. hätte für Innozenz III. mehrere Vorteile gehabt: er konnte nicht wie der staufische Kandidat Ansprüche auf Sizilien geltend machen und hatte außerdem bei seiner Wahl geschworen, die Rechte des Papstes zu achten und auf das Spolienrecht zu verzichten. In der Wahlanzeige war angedeutet worden, daß die Rekuperationen der Kurie anerkannt werden könnten. Weitere Forderungen Innozenz III. wollte er aber nicht ohne weiteres erfüllen, so daß Verhandlungen aufgenommen wurden. Obwohl sich der Papst nach außen zunächst neutral gab, erfuhren die Anhänger Philipps von Verhandlungen mit dem Welfen und verfaßten am 28. Mai 1199 in Speyer einen Protestbrief wegen päpstlicher Einmischung in deutsche Angelegenheiten, den dieser scharf zurückwies: er sei befugt, nach der kurialen Translationstheorie eine Entscheidung über das Kaisertum zu treffen.
Mittlerweile hatte sich aber Ottos Position verschlechtert: sein Onkel und Unterstützer Richard Löwenherz von England war am 6. April 1199 gestorben, dessen Nachfolger Johann Ohneland schien die Unterstützung zunächst nicht fortsetzen zu wollen. Der Mainzer Erzbischof Siegfried war aus dem Heiligen Land zurückgekehrt und beanspruchte eine Schiedsrichterrolle im Thronstreit, wobei er sich überraschend auf die Seite Friedrich II. stellte und beide Kandidaten zum Rücktritt aufforderte (dieses Problem löste sich allerdings mit dem baldigen Tod des Erzbischofs). Otto, dessen Anhängerschaft unruhig wurde, gab dem Papst in allen Punkten nach, worauf dieser im Frühjahr 1201 die „Erwägung über die Lage des Reiches bei drei Erwählten“ veröffentlichte.
Er erkannte das Recht der Fürsten auf die „Nominierung“ eines Kaisers mit der Königswahl an, verband es aber mit der kurialen Tranlationstheorie, nach der allein der Papst zu prüfen habe, ob der König auch die Kaiserkrone erhalten solle. Die Prüfung bestehe aus dem licet (dessen, was erlaubt sei), dem decet (dessen, was geziemend sei) und dem expedit (dessen, was nützlich sei). Bei Friedrich II. argumentierte er, die Wahl eines zweijährigen Kindes sei unziemlich, die einem Kind geleisteten Eide unerlaubt. Philipp sei als Bruder des Kaisers Heinrich VI. unziemlich, er sei schon von Cölestin gebannt worden und außerdem ein Mitglied der kirchenfeindlichen Staufer. Dagegen sei Otto ein wahrer Kirchenfreund und habe die wichtigsten und entscheidenden Fürsten (ein früher Hinweis auf die späteren Kurfürsten) auf seiner Seite. Otto IV. wurde die Entscheidung am 1. März 1201 mitgeteilt. Vor der öffentlichen Proklamation durch zwei päpstliche Legaten am 3. Juli in Köln mußte Otto allerdings noch die Neusser Eide (8. Juni 1201) leisten: die Rekuperationen der Kurie wurden anerkannt, der künftige Kaiser solle bei weiteren Rekuperationen undbei der Behauptung Siziliens helfen, in inneritalischen Angelegenheiten müsse der Herrscher dem Rat des Papstes folgen und zusätzlich müsse er Frieden mit Frankreich schließen. Trotz der Unterstützung durch den Papst gelang Otto kein entscheidender Durchbruch, nur die Reichsbischöfe Konrad von Würzburg (der Ex-Kanzler Philipps) und Siegfried von Mainz liefen über. Von den Laienfürsten wechselten Ottokar von Böhmen und der Landgraf von Thüringen wechselten die Seiten. Ottokar hatte sich die Unterstützung Philipps mit dem Königstitel in Böhmen bezahlen lassen, nun bekam er die päpstliche Bestätigung dieses Titels für seinen Verrat.
Philipp suchte angesichts der für ihn immer noch günstigen Situation die militärische Entscheidung und verhandelte gleichzeitig mit Innozenz III., so daß dieser 1203 Gerüchte einer Anerkennung Philipps zunächst dementieren mußte. Johann Ohneland, der englische König, mußte sich nach einer schweren Niederlage ganz aus Frankreich zurückziehen und die finanzielle Unterstützung Ottos, die nach Richards Tod schon knapper geworden war, endete ganz. Gleichzeitig lief Erzbischof Adolf von Köln zu Philipp über, weil ihm jetzt die Übernahme seiner sächsischen Gebiete durch die Welfen drohender erschien als eine staufische Herrschaft. Er krönte Philipp 1205 in Aachen und wurde daraufhin vom Papst gebannt und durch Bruno ersetzt. Philipp zwang Böhmen und Thüringen mit Gewalt auf seine Seite und zog dann nach Köln, wo er ein Heer Ottos und der Stadt Köln besiegte und Adolf wieder einsetzte. Nun ging auch die Stadt Köln zu Philipp über, die welfische Sache schien verloren.
Innozenz III. war zwar offiziell noch auf Ottos Seite, konnte aber diese Unterstützung nicht mehr lange durchhhalten: im Mai 1207 nach Deutschland gesandte Legaten sollten Otto den Verzicht nahelegen und Philipp vom Bann Cölestins lösen. Im September 1207 erreichten sie in Quedlinburg einen einjährigen Waffenstillstand. In Rom folgten weiter Verhandlungen zwischen Otto und Philipp: eine Tochter Philipps sollte einen Neffen Innozenz III. heiraten, wodurch dieser die umstrittenen Gebiete in Italien (Tuszien, Spoleto, Mark Ancona) als Reichslehen bekam. Otto sollte eine andere Tochter Philipps heiraten und das staufische Herzogtum Schwaben bekommen. Der obligatorische Verzicht auf das Spolienrecht usw. war auch von Philipp schon früher versprochen worden. Di Verhandlungen im Frühjahr 1208 endeten mit dem Verzicht Ottos zugunsten von Philipp. Aber die Bevollmächtigten erfuhren schon auf der Rückreise, daß ihr König vom bayerischen Pfalzgrafen Otto von Wittelsbach, der ursprünglich die nun dem päpstlichen Neffen versprochene Tochter hatte heiraten sollen, am 21. Juni 1208 ermordet worden war.